CNVkit使用

最新推荐文章于 2024-07-02 18:51:29 发布
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分类专栏： 生物信息
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本文链接：https://blog.csdn.net/geekfocus/article/details/106577282
版权
本文介绍了如何使用CNVkit进行基因组拷贝数变异(CNV)分析，包括从UCSC下载参考基因注释文件、安装必要的Python包如pyparsing、kiwisolver和matplotlib，以及在R环境中安装DNAcopy包时遇到的问题和解决方法。通过示例数据SRR5141045和SRR5141041/primary，展示了CNVkit在正常和spleen样本中的应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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文件下载：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/refFlat.txt.gz

./cnvkit/cnvkit.py access /data2/references/Homo_sapiens/hg38.genomic.fa -o access.hg38.bed
error:额外安装py包
Installing collected packages: pyparsing, kiwisolver, cycler, matplotlib
Installing collected packages: pillow, reportlab
Installing collected packages: pyfaidx
Installing collected packages: joblib, networkx, pyyaml, pomegranate

/data1/01.projects/USER006/somatic-CNVkit/cnvkit/cnvkit.py batch \
/data1/01.projects/USER006/mapping/pa01_tumor1.allready.bam \
--normal /data1/01.projects/USER006/mapping/pa01_normal.allready.bam \
--targets /data1/01.
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外显子拷贝数分析之cnvkit
weixin_53637133的博客
05-26 473
外显子拷贝数分析之cnvkit
使用CNVkit进行CNV分析
庐州月光的博客
09-06 9516
欢迎关注”生信修炼手册”!CNVkit是一款CNV预测软件，适用于全外显子，目的区域靶向测序等数据的CNV检测，官网如下https://cnvkit.readthedocs.io/en/...
R语言对CNVkit的结果进行可视化作图（通过cnr文件）
最新发布
x2yline的博客
07-02 572
【代码】R语言对CNVkit的结果进行可视化作图（通过cnr文件）
cnvkit_CNV分析工具
09-08
CNV分析工具，适合于exome和whole genome，开源工具包。
cnvkit.sh:运行 cnvkit 的简短脚本-开源
05-31
cnvkit.sh 是一个 shell 脚本，用于为 exome-seq 运行 CNVkit。 shell 使用 exome_test.sh 生成的文件。 它允许通过某个染色体的平均 log2ratio 重新调整基线。 ***更新*** seg 可以通过多线程的 cytoband 进行注释。 绘制了单个染色体散点图。
CNVkit：精准基因组分析的利器
gitblog_00055的博客
05-22 387
CNVkit：精准基因组分析的利器 项目地址:https://gitcode.com/etal/cnvkit 项目介绍 CNVkit是一个命令行工具包和Python库，专门用于从高通量测序数据中检测全基因组范围内的拷贝数变异（CNVs）和改变。这个强大的开源项目集成了数据分析和可视化的功能，为生物信息学研究提供了高效且易于使用的解决方案。 项目技术分析 CNVkit基于Python 3.7+开发，...
CNVkit 鲲鹏部署
yzq280736579的博客
05-27 365
【代码】CNVkit 鲲鹏部署。
matlab cnv函数,使用CNVkit进行CNV分析
weixin_39702639的博客
03-21 827
欢迎关注”生信修炼手册”!CNVkit是一款CNV预测软件，适用于全外显子，目的区域靶向测序等数据的CNV检测，官网如下https://cnvkit.readthedocs.io/en/stable/被很多高分文章引用， 示意如下 文章发表在PLos上，链接如下https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcb...
cnvkit.py heatmap *.cns -o samples.heatmap.pdf
09-06
在给定的命令中，cnvkit.py heatmap *.cns -o samples.heatmap.pdf，我们使用cnvkit.py脚本生成一个热图文件samples.heatmap.pdf。这个命令中，*.cns表示输入文件是一系列.cns文件，这些文件包含了拷贝数变异的信息...
pip3 install cnvkit失败
他山之石 可以攻玉
06-30 692
pip3 install cnvkit失败，总是提示一个.c文件安装失败。pip3 install pomegranate也提示同一个错误。 x86_64-linux-gnu-gcc: error: pomegranate/distributions/NeuralNetworkWrapper.c: 没有那个文件或目录 x86_64-linux-gnu-gcc: fatal error: no input files compilation terminated. erro.
FishingCNV:外显子组测序数据中的拷贝数变异（CNV）检测-开源
04-29
FishingCNV是由麦吉尔大学开发的软件工具，是用于全面分析高通量外显子组测序数据中稀有拷贝数变异的工具。 输入是由Genome Analysis ToolKit（GATK）生成的标准coverage文件，而输出是包含推定CNV的文件。 该程序有2个不同的发行版* GUI版本（FishingCNV_X.XXzip）*命令行版本（FishingCNV_X.X_pipeline）浏览我们的文件以查找不同的发行版。
CNV公式
maryyu8873的博客
11-15 1165
Robserved=Pnormal∗Rnormal¯¯¯¯¯¯¯¯¯+(1−Pnormal)∗Rcase¯¯¯¯¯¯Rnormal¯¯¯¯¯¯¯¯¯=Pnormal+(1−Pnormal)∗RCNVR_{observed}=\frac{P_{normal}*\overline{R_{normal}}+(1-P_{normal})*\overline{R_{case}}}{\overline{R_{n
利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因
庐州月光的博客
04-21 1568
欢迎关注”生信修炼手册”!通常在分析peak区域对应的靶基因时，会选取转录起始位点TSS上下游一定长度的区域作为候选的靶基因范围，本文介绍下如何利用bedtools来对peak与TSS区...
gtf等文件下载
baidu_39442520的博客
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【代码】gtf等文件下载。
netflow报文格式与数据处理流程分析_肿瘤外显子数据处理系列教程（九）拷贝数变异分析（不同软件的比较）...
weixin_39582569的博客
11-21 792
写在前面上一节我们用 GATK 的 CNV 流程分析了拷贝数变异，系列教程见：肿瘤外显子数据处理系列教程(一)读文献并且下载测序数据肿瘤外显子数据处理系列教程(二)质控与去接头肿瘤外显子数据处理系列教程(三)比对肿瘤外显子数据处理系列教程(四)比对结果的质控肿瘤外显子数据处理系列教程(番外篇)bam文件载入igv可视化肿瘤外显子数据处理系列教程(五)GATK的最佳实践肿瘤外显子数据处理系...
10 拷贝数变异分析（非GATK）
qq_23435961的博客
01-08 1771
12 拷贝数变异分析（非GATK） CNVkit CNVkit 的用法比较简单，可以参考官网的教程：https://cnvkit.readthedocs.io/en/stable/index.html，写得很 详细，这里我不再说明。下面是我用到的脚本（在这里我比较关心的是最后拿到的 segment 文件，即 final.seg，该文件可以用直接载入到 IGV 进行可视化，当然也可以用 cnvkit.py export 生成这样的 segments 文件，两者基本一样，然后和上一节 GATK 的结果进行比较
开箱即用版本 满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV（20240430更新）
SliverWorkspace
10-07 487
使用校准表对bam碱基质量校准，因为这一步gatk效率感人，所以同时计算insertsize，拆分interval list（后续mutect2并行运行需要），运行cnvkit batch，运行samtools depth计算测序深度，samtools flagstat 统计mapping比例及质量。编写脚本处理cnvkit输出，计算cnv基因，exon位置，gain/lost，cn数。编写脚本处理manta的输出，获取最终sv输出结果，起始位置，基因、频率等。使用cnvkit提供工具输出分布图和热图。
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