利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因

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通常在分析peak区域对应的靶基因时，会选取转录起始位点TSS上下游一定长度的区域作为候选的靶基因范围，本文介绍下如何利用bedtools来对peak与TSS区域的overlap情况进行分析，从而得到靶基因，可以分为以下几步

1. 得到物种对应的TSS位点信息

以hg38为例，通过UCSC的FTP服务可以得到物种对应的refFlat文件，链接如下

http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/

refFLat和refGene这两个文件记录的信息相同，refFlat文件列数更少，这里我们选择下载refFlat.txt.gz, 该文件的内容如下所示

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