对16S数据使用PICRUSt预测输出KEGG和COG表

step1  原材料：

1. OTU表 

2. OTU.fasta

 

step2  利用qiime转换为GreenGene ID替换原来的OTU_num

#qiime 的 OTU 序列注释过程
assign_taxonomy.py -i otu.fasta -r gg_13_5_otus/rep_set/97_otus.fasta -t gg_13_5_otus/taxonomy/97_otu_taxonomy.txt --uclust_max_accepts 1 -o gg97 
 
#根据具体的注释细节，对应 greengene id（这里用了一个手写的 R 脚本实现转换，在网盘附件中）
grep 'H' gg97/otu_tax_assignments.log > gg97/otu_tax_assignments2.log
Rscript replace_id.r gg97/otu_tax_assignments2.log otu_table.txt otu_table2.txt
 
#转为 biom 格式
sed -i '1i\# Constructed from biom file' otu_table2.txt
biom convert -i otu_table2.txt -o otu_table2.biom --table-type="OTU table" --to-json