绘制韦恩图

目录

韦恩图与upset差异

Vennerable包

基础使用list

dataframe输入格式

---

主要源于跟着Cell学作图 | 12.韦恩图(Vennerable包)-CSDN博客，增加了相关数据转换的处理。

韦恩图与upset差异

upset图：多个集合交集可视_upset图r语言代码自定义交集顺序-CSDN博客

rm(list = ls()) 
#构建模型数据
group1 <- rep(c("1","0","1","0","1"), 40)
group2 <- rep(c("1","1","0","1"), 50)
group3 <- rep(c("1","0"), 100)
group4 <- rep(c("0","1","0","1","1","1","1","0","1","1"), 20)
group5 <- rep(c("1","0","1","1","1"), 40)
data <- cbind(group1,group2,group3,group4,group5)
rownames(data) <- c(1:nrow(data))
 
library(UpSetR)
library(stringr)
library(dplyr)
data1 <- apply(data,2,as.numeric) #转化为数值型
rownames(data1)<-rownames(data)
data1<-as.data.frame(data1)
 
upset(data1, 
      sets = c("group1","group2","group3","group4","group5"), 
      sets.bar.color = "red",
      order.by = "freq", 
      empty.intersections = "on")

韦恩图使用原始数据即可自动取交集，upset需要将交集转换为矩阵，然后使用0，1表示进行绘图

---

Vennerable包

基础使用list

#韦恩图#
rm(list = ls()) 
BiocManager::install("RBGL") #安装依赖包
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") #安装Vennerable包
library(Vennerable) #加载
data(StemCell) #使用内置的数据集
str(StemCell)
Vstem <- Venn(StemCell)
Vstem3<-Vstem[, c("OCT4", "SOX2", "NANOG")]
plot(Vstem3, doWeights = TRUE)

数据格式：这里的input是list格式的数据

---

dataframe输入格式

常用的是dataframe格式文件，输入需要进行list转换

R语言list与dataframe相互转换（常用）_r语言list转dataframe-CSDN博客

##这里将数据集转换为dataframe后再转回list进行测试#
dat <- as.data.frame(t(sapply(StemCell, "[", i = 1:max(sapply(StemCell, length)))))



##注意行名:转换时将行名转换为list名
list_from_df <- as.list(as.data.frame(t(dat))) ##需要转置后才能将行名转换为为list的名

# 使用na.omit()函数删除NA值
list_no_na <- lapply(list_from_df, na.omit)
Vstem1 <- Venn(list_no_na)
Vstem4<-Vstem1[, c("OCT4", "SOX2", "NANOG")]
p2 <- plot(Vstem4, doWeights = TRUE)
p2 

将含有NA值的dataframe转换为list进行处理

参考：跟着Cell学作图 | 12.韦恩图(Vennerable包)-CSDN博客

R绘图|韦恩图的常见绘制方法 - 知乎 (zhihu.com)