③分析胃癌组蛋白脱乙酰酶HDS模型-SeuratHDS细胞比例
单细胞转录组测序分析步骤:用 CellRanger 识别细胞后构建 Seurat 矩阵,根据之前的研究过滤低质量细胞,最后获得数据进行聚类分析。首先,选取方差最大的前 2000 个基因进行数据归一化,使用主成分分析(PCA)将数据维度降低到 50 个主成分,并使用harmony去除样本的批次效应。通过 tSNE 聚类分析,共确定了 9 个聚类(B 细胞、CD4+ T 细胞、CD8+ T 细胞、NK 细胞、肥大细胞、内皮细胞、成纤维细胞、骨髓细胞和浆细胞)。然后,提取每个细胞群的基因表达矩阵,以确定亚群。
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