plink常用质控

• SNP缺失质控

现有文件map/ped

「某个SNP在样本中缺失大于10%，删除该SNP：--geno」

plink --file X --geno 0.1 --recode --out zk

「某个在某个样本中，SNP缺失大于10%，删除该样本：--mind」

plink --file X --mind 0.1 --recode --out zk

• 次等位基因频率（MAF）过滤

现有map/ped文件

「某个SNP在的MAF小于0.01，那么该SNP删掉：--maf 0.01」

plink --file X --maf 0.01 --recode --out maf

• 哈温平衡过滤

现有map/ped文件

「某个SNP在哈温平衡检验中p值小于1e-5，那么该SNP删掉：--hwe 1e-5」

plink --file X --hwe le-5 --recode --out hwe