map/ped转换vcf、PI

• map/ped格式转换vcf

上传解压文件

map / ped转换为二进制格式 bed / bim / fam

plink --file GENO --make-bed --out geno

plink为vcf

1.plink --bfile geno --recode vcf-iid --out geno --chr-set 27
2.plink --bfile geno --export vcf --out geno --chr-set 27

# #  ＞0.9否则质控

plink --file G --geno 0.1 --out zk  # #

• PI

1. 核酸多样性PI，值越大说明核苷酸多样性越高

vcftools --vcf geno.vcf --window-pi 1000000 --window-pi-step 200000 --out blsll_pi

# #

多态性（PI）越低，受选择程度越高。