plink计算杂合度

现有map/ped文件

• 计算样本的杂合度--het

plink --file X --het 

• FID：家系ID
• IID：个体ID
• O(HOM)：观察到的纯合个数
• E(HOM)：期望的纯合个数
• N(NM)：没有缺失的SNP个数
• F：计算的值

F值越小（包。括负值），杂合度越高，F值越高，纯合度越高。

• 计算SNP位点杂合度--hardy

可以给出位点的纯合和杂合个数

plink --file X --hardy

• GENO，2/0/6，第一个是次等位基因纯合个数，第二个是杂合个数，第三个是主等位基因纯合个数
• O(HET)，是杂合所在的比值

• 计算SNP位点的基因频率--freq

plink --file X --freq

NCHROBS:等位基因观察数