生物软件安装与使用--4 Trimmomatic 的安装与使用

1 简介

• Trimmomatic是一个主要针对Illumina测序的reads修剪和过滤的软件
• Trimmomatic的好处在于，它不但可以用来切除illumina测序平台的接头序列，还可以去除由我们自己指定的特定接头序列，而且同时也能够过滤read末尾的低质量序列。

2 软件安装

wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip
unzip Trimmomatic-0.38.zip

3 软件使用

trimmomatic PE [-version] [-threads <threads>] [-phred33|-phred64] [-trimlog <trimLogFile>] [-summary <statsSummaryFile>] [-quiet] [-validatePairs] [-basein <inputBase> | <inputFile1> <inputFile2>] [-baseout <outputBase> | <outputFile1P> <outputFile1U> <outputFile2P> <outputFile2U>] <trimmer1>...  #双端
trimmomatic SE [-version] [-threads <threads>] [-phred33|-phred64] [-trimlog <trimLogFile>] [-summary <statsSummaryFile>] [-quiet] <inputFile> <outputFile> <trimmer1>...  #单端

trimmomatic  PE  -phred33  test_1.fq test_2.fq \ test_1_paired.fq test_1_unpaired.fq \ test_2_paired.fq test_2_unpaired.fq \ ILLUMINACLIP:/usr/local/src/Trimmomatic/Trimmomatic-0.36/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \ LEADING:5  TRAILING:5  SLIDINGWINDOW:3:20  MINLEN:50  #双端
trimmomatic  SE  -phred33  test.fq test.out.fq  ILLUMINACLIP:/home/analysis/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-hdfd78af_2/share/trimmomatic/adapters/TruSeq3-SE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20  LEADING:5  TRAILING:5  MINLEN:50  #单端

< inputFile1> < inputFile2>：为输入文件，fastq或fq.gz。
< outputFile1P> < outputFile1U> < outputFile2P> < outputFile2U>：为对应的四个输出文件，双端序列都保留的paired序列文件和只保留一段序列的unpaired序列文件，unpaired是不需要的。单端模式不需要指定文件来存放被过滤掉的read信息。
threads：线程数。
phred33：设置碱基的质量格式（默认是64，但现在常用33）。
LEADING:5：切除首端碱基质量小于5的碱基或者N。
TRAILING:5：切除末端碱基质量小于5的碱基或者N。