1 简介
- Trimmomatic是一个主要针对Illumina测序的reads修剪和过滤的软件
- Trimmomatic的好处在于,它不但可以用来切除illumina测序平台的接头序列,还可以去除由我们自己指定的特定接头序列,而且同时也能够过滤read末尾的低质量序列。
2 软件安装
wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip
unzip Trimmomatic-0.38.zip
3 软件使用
trimmomatic PE [-version] [-threads <threads>] [-phred33|-phred64] [-trimlog <trimLogFile>] [-summary <statsSummaryFile>] [-quiet] [-validatePairs] [-basein <inputBase> | <inputFile1> <inputFile2>] [-baseout <outputBase> | <outputFile1P> <outputFile1U> <outputFile2P> <outputFile2U>] <trimmer1>... #双端
trimmomatic SE [-version] [-threads <threads>] [-phred33|-phred64] [-trimlog <trimLogFile>] [-summary <statsSummaryFile>] [-quiet] <inputFile> <outputFile> <trimmer1>... #单端
trimmomatic PE -phred33 test_1.fq test_2.fq \ test_1_paired.fq test_1_unpaired.fq \ test_2_paired.fq test_2_unpaired.fq \ ILLUMINACLIP:/usr/local/src/Trimmomatic/Trimmomatic-0.36/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \ LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:3:20 MINLEN:50 #双端
trimmomatic SE -phred33 test.fq test.out.fq ILLUMINACLIP:/home/analysis/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-hdfd78af_2/share/trimmomatic/adapters/TruSeq3-SE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:50 #单端
< inputFile1> < inputFile2>:为输入文件,fastq或fq.gz。
< outputFile1P> < outputFile1U> < outputFile2P> < outputFile2U>:为对应的四个输出文件,双端序列都保留的paired序列文件和只保留一段序列的unpaired序列文件,unpaired是不需要的。单端模式不需要指定文件来存放被过滤掉的read信息。
threads:线程数。
phred33:设置碱基的质量格式(默认是64,但现在常用33)。
LEADING:5:切除首端碱基质量小于5的碱基或者N。
TRAILING:5:切除末端碱基质量小于5的碱基或者N。