生物信息百Jia软件（十二）：trimmomatic

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通哥点评

数据处理的工具其实有很多，前面我们也介绍过了fastp。因为处理的原则都差不多，最重要的是了解数据处理的原理，为何要过滤低质量，N碱基，adapter，duplication等。我自己是不喜欢用trimmomatic的，因为参数比较复杂，其实，以前我的同事们好多人都自己写个工具，只不过大家没觉得数据处理还是一个很大的问题，并不像老外把处理处理的工具都发表出来，刷了一篇SCI。

一、功能分类：
数据处理软件

二、软件官网：
http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic

三、软件介绍:
trimmomatic是一款用来处理illumina测序数据的工具，可以是单条的single reads，也可以是成对的pairend reads。支持压缩格式数据。功能和其他数据处理的程序都差不多，主要包括，
1、去除adapter序列以及测序中其他特殊序列；
2、采用滑动窗口的方法，切除或者删除低质量碱基；
3、去除头部低质量以及N碱基过多的reads；
4、去除尾部低质量以及N碱基过多的reads；
5、截取固定长度的reads；
6、丢掉小于一定长度的reads；
7、Phred 质量值转换

四、下载安装