lammps教程：ovito多晶显示方法

最新推荐文章于 2023-09-12 23:39:17 发布
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分类专栏： lammps教程 文章标签： 大数据
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大家好，我是小马老师。
本文介绍ovito显示多晶的第三种方法。

先导入多晶文件，本文以前面推文中的多晶多相模型为例，导入模型后，有部分原子位于box外部。
在这里插入图片描述

可通过wrap方法调整到box内部，点击右上角“add modification”，选择“Warp at periodic boundaries"
在这里插入图片描述

所有原子被重置到box内部
在这里插入图片描述

现在晶粒为同一颜色，无法明显区分，点击右上角“add modification”，选择“Color coding",选自图中1处选项，然后点击2处"adjust"
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得到多晶显示效果：
在这里插入图片描述

选择不同的“Color gradient”，可得到不同的渲染效果：
在这里插入图片描述
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lammps教程：Ovito中多晶不同颜色显示技巧
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07-09 6115
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06-22 4563
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几个matlab脚本，用于简单的多晶建模，生成的是lammps data格式文件。
lammps教程：CNA晶体结构分析命令
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08-22 2253
下图是用本命令计算的Cu融化过程中晶格变化情况，与ovito cna方法得到的结果基本相同，颜色不同主要与color coding配色有关。计算的原子是保证每个原子周围在此截断距离内能够找到适当的近邻原子，如完美的fcc和hcp晶格有12个近邻原子，bcc晶体有14个近邻原子。在ovito后处理软件中有CNA的计算，但这个计算在单个原子的体系比较准，对于合金体系，有可能识别不准，如把FCC识别为other类型。例如Cu的晶格常数为fcc 3.61，因此，cutoff为3.08。其中，a为晶格常数。
OVITO选择原子
hx___xh的博客
12-12 2318
ovito选择需要的原子
Ovito中多晶材料晶粒分析方法介绍
lammps_jiayou的博客
07-12 4226
Ovito中多晶材料晶粒分析方法介绍
分子动力学模拟的Lammps实现.rar_lammps_lammps教程_分子动力学
07-14
本资源是关于"分子动力学模拟的Lammps实现"的教程，主要针对初学者，旨在帮助他们理解和掌握如何使用LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，大规模原子/分子并行模拟器）进行分子动力...
多晶建模,多晶建模py,matlab
09-10
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lammps实例_熔化与凝固_lammps教程_lammps_熔化_
09-30
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05-28
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lammps教程：Ovito选择特定晶粒的方法
lammps_jiayou的博客
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在多晶的lammps模拟中，可能会对某一个特定晶粒的变形情况进行分析，此时，需要找到这个晶粒，并进行单独分析。ovito有专用的晶粒识别命令，并把每一个晶粒进行独立编号，通过这个编号，我们就可以找到任意的晶粒。表示选择晶粒编号为1的原子，设置不同的值可选择不同的晶粒。
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getting: 三分钟掌握一个实用的simulation skill。不累赘，直接上手。
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OVITO使用（2）——缺陷分析进阶-如何分类统计晶界与晶内的缺陷
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04-15 3352
对应晶界处的空位数，对数据进行加减可得出晶内的间隙原子和空位数），在导出数据要特别注意自己的数据所代表的物理含义，防止数据错配。观察选取的坐标范围是否完全覆盖晶界结构，若存在未选中的原子，可进行微调）。进行计算，这里通过ovito显示组成晶界结构原子的坐标，根据坐标范围进行粗略确定（通过。为了探究晶界对缺陷的影响，我们常常需要将晶界处与晶内的缺陷分开统计，这时可以通过。对于材料的抗辐照性能，有学者发现晶界起着缺陷吸收阱的作用。，选择存储路径，选择要输出的数据信息（这里。表示晶界与晶内总的间隙原子数，
保姆级教程 | ovito调整原子透明度并介绍导出的三种办法
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08-24 1864
不过效果其实也一般）选中想要导出的视角（ovito里直接点击对应区域即可，边框会变成黄色），点击左上角的照相机，弹出的窗口里我研究明白的功能已经标注了，按照123流程即可，另一个没打框的图标是直接。1. 获得lammps模拟完成后的xyz文件（格式如下），可使用vmd或者ovito软件查看模拟的原子轨迹图像（这里注意每一帧的红框内数值要和后面的原子总数目一一对应，如果有删减原子记得修改）导入模型后，点击右侧“Add modification...”，选择“Select type”选项，在右下方选择框。
OVITO使用（4）——如何显示晶界与点缺陷的相互作用
m0_64452471的博客
08-18 2495
的方法，较新版本的Ovito（如3.8以上的版本）这个功能需要pro版，本着“能省则省”的原则，可以去下载旧的基础版（本文用到的是Ovito 3.6.0）。⑤ 叠加图层后就能同时显示出缺陷与晶界，但晶界处的缺陷被覆盖无法显示，此时我们需要调整晶界的透明度。④ 使用W-S法识别出间隙原子和空位，这里为了避免导出的图片中box边框重合产生加粗或者虚影的效果，可以勾选掉任意一个图层的。”，修改数值（数值越大，原子越透明，大家可根据自己的需求调整）。)，剩下的是组成晶界的原子以及辐照产生的无序化原子。
LAMMPS入门教程：大规模分子动力学模拟器
"Getting Started with LAMMPS: A Comprehensive Guide for Beginners" LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 是一个由 Sandia National Laboratories 开发的广受欢迎的分子动力学...
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