String+CytoScape构建PPI网络

最新推荐文章于 2023-11-09 21:26:13 发布

xiaobai1_1

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文章标签： string ppi cytoscape

本文链接：https://blog.csdn.net/xiaobai1_1/article/details/103327620

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本文介绍了如何利用Cytoscape软件结合String网站构建和分析蛋白质相互作用（PPI）网络。首先从下载Cytoscape开始，接着在String网站上输入差异基因获取PPI图，然后在Cytoscape中导入和编辑网络，使用NetworkAnalyzer调整样式。此外，文章还提到了MCODE插件，用于挖掘PPI网络中的蛋白复合体，并展示了聚类后的结果。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1.下载CytoScape
Cytoscape是一款专业强大好用的物生信息分析软件，主要达用于专业的研究人员使用，软件主要适用于整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制，支持多种文件格式，导入后就可以直接进行编辑或者分析等操作了，除此之外，软件还提供了强大的编辑工具，支持添加相应的注释信息，软件基于java环境组件打造。
下载地址：https://cytoscape.org/
因为软件基于java环境组件，所以首次安装会下载JAVA组件，如图所示：
在这里插入图片描述
JAVA组件下载完成后，点击NEXT：
接着软件出现许可协议，选择I accept，然后NEXT，之后选择软件的安装目录：
下一步选择是否与cys文件关联，选择是否加入用户改善体验计划，继续next就会开始Cytoscape软件的安装了，稍等一会儿安装完成：
在这里插入图片描述