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RSS订阅原创 关于基因差异化的那些事 edger Deseq2和limma的使用及一些总结
在基因差异分析的过程中常见的几大差异化常用的R包 主要是edgeR Deseq2 和limma(其中limma 包主要内置于edgeR)那么在分析的过程中呢，每个包有他们各自的一些数据处理方式。在接受的数据格式上和样本数目上呢也存在一些差异。主要如下1.首先关于limma 包进行差异分析参考的博客主要有https://cloud.tencent.com/developer/article/1667505(R包limma作差异基因分析）关于limma 包的一些相关知识limma 主要用于
2020-12-27 16:24:13
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原创 关于R安装包的方法汇总
R安装包最开始的时候接触的是BiocManager::install(“devtools”),因为当时我的R是3.6以上的版本所以用着种方法来安装包，在3.5以下的版本，当时主要是biocLite进行安装。3.5以下的版本，那么常用的安装命令就是source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(pkg_name)对于3.5以上的版本就是BiocManager::install("devtools")或者可以选择直接本地安装，首先从B
2020-12-23 21:14:58
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翻译 单细胞----关于Seurat的一些知识
关于单细胞的一些知识Seurat 官方网站 https://satijalab.org/seurat/v3.2/pbmc3k_tutorial.html在官网教程中，作者选用的是PBMC的数据，可以从官网进行下载下载后解压缩的文件夹包含三个文件其中barcodes.csv是一个相当于每个细胞身份证的标记，在PBMC中总共有2700个单细胞，所以barcodes 总共有2700行，每一行代表一个细胞genes.tsv呢，是一个ENSEMBL的ID 和一个Symbol 的ID ，总共有32738
2020-12-22 20:14:18
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空空如也
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