关于R安装包的方法汇总

R安装包

最开始的时候接触的是BiocManager::install(“devtools”),因为当时我的R是3.6以上的版本所以用着种方法来安装包，在3.5以下的版本，当时主要是biocLite进行安装。
3.5以下的版本，那么常用的安装命令就是

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(pkg_name)

对于3.5以上的版本就是

BiocManager::install("devtools")

或者可以选择直接本地安装，首先从Biocondictor 下载相关的包到本地，然后直接安装
如我安装SignleR

install.packages("/home/data/vip38/Biosoft/SingleR_1.4.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

也可以采用devtools 进行安装
devtools::install_local("/home/data/vip38/Biosoft/SingleR_1.4.0.tar.gz")  #镜像选择all-- 1

也可以使用devtools 进行安装，首先需要下载devtools

BiocManager::install("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github('dviraran/SingleR')

还可以从Biocondictor的官网链接进行安装

remotes::install_git('https://git.bioconductor.org/packages/SingleR')