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文献阅读分析
文章平均质量分 89
forever luckness
这个作者很懒,什么都没留下…
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3D完整空间蛋白组学
最新技术,前言文献阅读原创 2022-12-28 14:35:18 · 857 阅读 · 0 评论 -
Genomic characterization of metastatic breast cancers 转移性乳腺癌的基因组特征
转移性乳腺癌的基因组特征本文是来自法国 Fabrice André 2019年5月23日发在Nature上的一篇文章本文就617例转移乳腺癌病人的基因组特征进行研究,发现在转移的HR+的乳腺癌中(381例),9大驱动基因的突变频率更高,(TP53, ESR1, GATA3, KMT2C, NCOR1, AKT1, NF1, RIC8A and RB1)但是在HER2-的转移乳腺癌里,突变水平并不太高,相比于TCGA早期的乳腺癌。并且发现18个扩增出现在HR+/HER-的转移乳腺癌里。突变在TP53,RB原创 2020-08-11 21:48:32 · 524 阅读 · 0 评论 -
转移性乳腺癌的基因组图谱突出了突变和特征频率的变化
转移性乳腺癌的基因组图谱突出了突变和特征频率的变化The genomic landscape of metastatic breast cancer highlights changes in mutation and signature frequencies摘要部分442个乳腺癌转移的病人样本的全基因组测序,表明,相比于原位乳腺癌,转移的乳腺癌病人基因组的肿瘤突变负荷TMB加倍。6个已知驱动突变基因的突变频率和突变特征的相对贡献也增加。还观察到与前治疗显著相关。突变信号17的贡献在用氟尿嘧啶、紫杉原创 2020-08-09 19:33:35 · 1909 阅读 · 0 评论 -
中国人群队列的TNBC转录组和基因组图谱
这篇文章是2019年上海交通大学邵志敏教授团队蒋一舟博士的文章本文基于中国人群465个TNBC样本进行RNA-seq和外显子测序,并结合拷贝数变异,来分析中国人群的TNBC的特点,根据分子图谱,作者将中国人群的TNBC分为4个亚群。本文聚焦1.中国人的TNBC更倾向于PIK3CA的突变,而且表现的更像LAR亚型相比于TCGA基于欧洲人的基因组学图谱。2.基于转录组的特点,将中国人的TNBC分为4个亚型。3.多组学测绘鉴定出了TNBC亚型的潜在靶点。根据临床特征和基因组和转录组学数据,将465例原创 2020-08-08 21:45:33 · 1677 阅读 · 0 评论 -
饮食与癌细胞代谢的分子联系
文章摘要恶性癌细胞通过修饰自身的代谢来满足它们对于细胞不可控的增殖。这些需求导致对能量,生物合成前体物质和信号中间产物的不同需求。遗传过程导致的原癌基因事件和转录程序以及表观遗传事件对于必要的代谢网络活性来说都是非常重要的。大量的证据表明环境因素在塑造癌细胞代谢过程中都扮演着重要的角色。代谢,饮食,和营养在决定癌细胞的代谢过程中是一个非常重要的新兴的因素。在这篇文章中,我们主要讨论这些新兴的概念在癌症代谢中的作用,以及饮食和营养如何影响癌细胞的代谢。癌细胞表现出代谢改变以满足生物合成和生物能量和..原创 2020-07-02 20:26:24 · 898 阅读 · 0 评论 -
免疫炎性和癌症--每个人的战争--观后所思
Immunity, Inflammation, and Cancer免疫和验证环境之间的协调和稳态,对于癌症的发生发展有着至关重要的作用。近些天在看大卫赛尔旺施莱伯写得一本关于抗癌日志的书籍,作为医生和患者的集结体,他用18年的抗癌经验告诉我们,如何调整健康的饮食习惯和生活习惯以及自我的身心状态,在被检出癌症后,奇迹般的活了18年。在看书的过程中,我也想来了解了解这个科学研究提供的理论依据,如何更好的控制癌症的发生。正文炎症响应在癌症的发生发展的不同阶段扮演着重要的角色,包括肿...原创 2020-06-25 16:43:56 · 1984 阅读 · 0 评论 -
相分离文章专刊 mTOR 信号调控相分离 mTOR Regulates Phase Separation of PGL Granules to Modulate Their Autophagic
mTOR 信号调控PGL的相分离来调控其自噬过程mTOR Regulates Phase Separation of PGL Granules to Modulate Their Autophagic摘要导读在秀丽隐杆线虫胚胎发育的过程中,mTOR信号调控PGL颗粒的来调控它们的自噬降解和在热激下适应性。聚焦1.受体蛋白SEPA-1促进PGL-1颗粒的液...原创 2020-03-26 18:15:00 · 852 阅读 · 0 评论 -
生物聚集细胞生物化学反应的组织者Biomolecular condensates: organizers of cellular biochemistry
Biomolecular condensates: organizers of cellular biochemistry摘要生物聚集是真核细胞中的形成的微米级别的无膜细胞器,它们可以作为核酸和蛋白质的聚集者。这些聚集的过程涉及多种生物化学过程,包括RNA的代谢,核糖体的再生,DNA损伤修复以及信号转导,近期的研究表明由多价生物大分子互作形成的液液相分离是生物聚集的重要组织原则。由于这些物...原创 2020-03-25 11:48:53 · 3027 阅读 · 0 评论 -
相分离在聚集多价信号蛋白过程中的作用Phase transitions in the assembly of multivalent signalling proteins
Phase transitions in the assembly of multivalent signalling proteins在本文中作者表明了多种合成,多价大分子和(包括多架构的蛋白质和RNA)从而形成尖锐的液液相分离,在水溶液里离形成微米级别的液滴。该宏观转变对应于小配合物与大的动态超分子聚合物之间的分子转变。相转变的浓度取决于互作物质上的化合价。在肌动蛋白调控蛋白N-WASP与...原创 2020-03-23 20:15:38 · 1378 阅读 · 0 评论 -
相分离相关文章阅读Intrinsically disordered linkers determine the interplay between phase separation and gelat
Intrinsically disordered linkers determine the interplay between phase separationand gelation in multivalent proteins内在无序结构在多价蛋白在相分离和胶状样之间的作用线性多价蛋白的相变控制许多细胞内无膜细胞器的可逆形成。涉及结构域/基序的特定非共价交联导致系统跨度网络,称为凝...原创 2020-03-23 15:24:05 · 320 阅读 · 0 评论 -
相分离相关文章阅读Liquid–liquid phase separation in cellular signaling systems
Liquid–liquid phase separation in cellular signaling systemsRNA和蛋白质的液液相分离现在被认为是RNP颗粒形成的一个重要的机制,细胞信号似乎也采用相分离的方式在细胞质或者细胞膜进行进行扩增或者信号转导的调控,在30年前就已经确认的受体聚集事件,现在又可以从相分离的角度进行新的审视。固有失序蛋白质或区域对于动态的蛋白质互作或者转录后的...原创 2020-03-23 13:37:56 · 1418 阅读 · 0 评论 -
RNA在相分离中的作用RNA buffers the phase separation behavior of prion-like RNA- binding proteins
RNA buffers the phase separation behavior of prion-like RNA-binding proteinsPrion 样的RNA结合蛋白,比如说TDP43和FUS,在细胞核中是可溶的状态,然而当他们存在细胞质中的时候便会发生病理学的聚集。为什么这些蛋白质在核中式可溶性的而在细胞质中会发生聚集,原因尚不清楚。本文报道的是RNA在调控PLD的RBP的相...原创 2020-03-22 21:12:24 · 1576 阅读 · 0 评论 -
相分离相关文章阅读Cancer-Specific Retargeting of BAF Complexes by a Prion-like Domain
类阮蛋白结构域对BAF复合物的肿瘤特异性重定位Cancer-Specific Retargeting of BAF Complexes by a Prion-like Domain本文的Highlights1.EWS-FLI1结合并招募BAF复合物到GGAA微卫星序列2.GGAA重复序列处的从头增强子激活时EWS-FLI1的一个新的性质3.ES-FLI1的PrLD对于相的转换和增强子的...原创 2020-03-22 12:19:06 · 1131 阅读 · 0 评论 -
相分离和长链非编码RNA之间的故事Paraspeckles: Where Long Noncoding RNA Meets Phase Separation
Paraspeckles: Where Long Noncoding RNA Meets Phase Separation长链非编码RNA在基因的表达调控中,起着重要的作用。精确的RNA和蛋白质互作模型来研究RNA和蛋白质之间的相互作用以及相分离模式是必不可少的。而目前的大多数将此项研究聚焦在核体Paraspeckle上。这种无膜细胞器是在一种特殊的LncRNA作为骨架,然后将蛋白质富集在核器...原创 2020-03-21 21:54:02 · 2549 阅读 · 0 评论 -
mRNA的亚细胞定位
相分离调控mRNA的亚细胞定位对于mRNA的亚细胞定位目前,研究的较为清楚的主要涉及三种机制1.mRNA的局部降解保护、2.mRNA的扩散耦合局部包埋3.mRNAs沿细胞骨架的定向运输来自全基因组筛选和特定的转录物的研究表明,mRNA存在特定的模式识别体,参与mRNA 的亚细胞定位,并且这些结构子啊进化上是保守的,而且RNA的亚细胞定位对于发育,极性建立,有丝分裂,细胞器遗传,细胞迁移...原创 2020-03-19 22:15:38 · 5074 阅读 · 0 评论 -
小肽相关1~peptidomic discovery of short open reading frame–encoded peptides in human cells
小肽相关文章分析peptidomic discovery of short open reading frame–encoded peptides in human cellsSEP来自非编码RNA的sORF,并且他们的起始密码子,并不是非经典的AUG,Swiss-Prot数据库里的数据解释大部分小于100aa的小肽,多与细胞外基质的成分相关(2006The Abundance of Shor...原创 2020-01-15 22:21:18 · 392 阅读 · 0 评论 -
细胞亚器文献阅读之酵母液泡与线粒体的动态互作A Dynamic Interface between Vacuoles and Mitochondria in Yeast
细胞亚器文献阅读之酵母液泡与线粒体的动态互作A Dynamic Interface between Vacuoles and Mitochondria in Yeast本文和前一篇阅读的文献之间的关联,本文发现线粒体依赖于两个接触位点中的一个,ERMES或vCLAMP。前一天的文章也谈到这两个位点。细胞的生命依赖于脂质和小分子在线粒体和内膜系统之间的连续运输。近年来,内质网-线粒体接触结构(E...原创 2019-11-18 14:47:53 · 970 阅读 · 0 评论 -
ATAC-seq原理及现有技术的比较
Chromatin accessibility and the regulatory epigenome Sandy 文献阅读及分析总结在开始讲述之前,我们先来了解一下本文中接下来的几种染色质可接近性的技术,主要包括早期的DNase-seq技术,ATAC-seq技术。首先对于染色质的可接近性的评估对于染色质的可接近性的评估,通常是通过量化染色质的甲基化状态以及对DNase的敏感性来量化的...原创 2019-11-17 22:15:21 · 6720 阅读 · 0 评论 -
文献阅读High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell
文献阅读汇报 High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell原创 2019-11-08 21:36:06 · 1119 阅读 · 0 评论 -
细胞亚器文献阅读二~An ER-Mitochondria Tethering Complex Revealed by a Synthetic Biology Screen
细胞亚器文献阅读二~An ER-Mitochondria Tethering Complex Revealed by a Synthetic Biology Screen通过合成生物学筛选ER和Mito的连接复合体为了揭示参与线粒体以及ER之间互作的成分,作者通过合成生物学筛选的方法,筛选了能够用来连接这两个细胞亚器的人工合成蛋白作为补充。作者发现了定位在内质网以及线粒体上的四种蛋白Mmm1/...原创 2019-11-17 22:12:44 · 991 阅读 · 0 评论 -
利用系统级别的光谱成像技术分析细胞器的互作组学
细胞亚器互作组学研究(一)系统级别的光谱学观察细胞亚器互作组在猴的成纤维细胞系中,利用共聚焦显微镜,观察猴的活细胞中的细胞亚器的数量以及体积,速度位置以及动态互作的状态。作者描述了六种不同的膜结合细胞器(内质网、Golgi、溶酶体、过氧化物酶体、线粒体和脂滴)之间的两种、三种、四种和五种方式的相互作用的频率和位置,并显示这些关系随时间的变化。作者证明了每一个细胞器在三维空间中都有一个特征性的分...原创 2019-11-17 22:13:09 · 925 阅读 · 0 评论 -
细胞亚器互作综述解读~~~The secret conversations inside cells
细胞亚器互作综述解读 The secret conversations inside cells2019年5月11日发表在Nature上的一篇关于细胞亚器互作的文章The secret conversations inside cells,讲述了细胞亚器互作的最初发现之旅。原文链接 https://www.nature.com/articles/d41586-019-00792-9...原创 2019-11-03 21:20:25 · 2705 阅读 · 0 评论 -
ATAC-seq以及相关技术(DNase-seq,MNase-seq,NOMe-seq)的发展
ATAC-seq技术及相关技术的发展Reveling in the Revealed这篇文章中,对DNase-seq和ATAC-seq还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。具体如下:首先,向我们了解到的,CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术,它主要通过对已知的蛋白,通常是目的转录因子TF免疫沉淀,抓取与该TF结合的DNA片段,然后再进一步的扩增,找到TF的潜在靶基因。...原创 2019-10-27 16:48:54 · 17964 阅读 · 0 评论 -
文献阅读-Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor
Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor Context文献阅读记录(LncRNA 与其共表达的mRNA)在本文中,研究人员通过对5185个TCGA肿瘤和1019个ENCODE肿瘤样本进行分析,结果发现在多种肿瘤(14个肿瘤里)有很多LncRN...原创 2019-10-20 16:04:34 · 804 阅读 · 0 评论