单细胞分析
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forever luckness
这个作者很懒,什么都没留下…
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关于单细胞批次矫正那些事(二) KBET 用于单细胞批次矫正结果的评估
之前我们根据GB 那篇文章了解到了对于常见的用于单细胞批次矫正分析的常见的方法Harmony LIGER以及Seurat3 等,那么文章也推荐如果是批次矫正后用于下游的分析的话推荐ComBat,MNN以及ZINB-WaVE以及scMerge这几种方法,但是其实这几种方法获得的批次效应处理和细胞类型聚类效果还不是很好。A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction 评估单细胞测序批次矫正的一个指标今天我们进一步的分析再批翻译 2021-03-11 21:52:42 · 4799 阅读 · 0 评论 -
关于单细胞批次矫正那些事(一)
最近在进行单细胞相关的数据的处理,由于样本是不同的病理时期的,料想它们在测序的时候也是不同步进行的,因此认为批次效应也肯定是存在的,但是之前没有解除过这方面的问题,在网上看了很多技术帖,有一点基础的了解,再进一步的看看文献原著,希望深入的了解单细胞的批次效应,以及在不同的样本数据情况下,用何种批次处理效果好,以及批次处理效果的标准如何评定。A benchmark of batch-effect correctionmethods for single-cell RNA sequencingdata用翻译 2021-03-08 15:38:55 · 7889 阅读 · 0 评论 -
生新技能树单细胞GBM数据分析(SignleR以及Seurat 联合分析及细胞簇注释
学习是一种态度图片来自网络关于单细胞测序分析,本文主要参考生新技能树团队的帖子和代码,有部分内容属于自己的理解,在此非常感谢生新技能树团队无私的奉献。当然本帖子也参考了大量其他的贴子,参考内容和链接将会在相应地方放出,以便读者学习。单细胞分析技术目前尚多,SignleR和Seruat是主流的分析,之前我们就Seruat 官网上的流程进行了初步的分析,这次的内容主要是结合SingleR 和Seruat 进行单细胞的注释。分析过程主要包括1. 数据的读取和整理数据的下载和读取rm(list=ls原创 2021-01-09 11:31:12 · 5071 阅读 · 0 评论