ChIP-seq（1）: 学习笔记 --ChIP信号富集

最新推荐文章于 2023-03-07 22:14:56 发布
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这篇博客介绍了如何使用MACS2进行ChIP-seq的下游分析，包括如何获取富集区、理解MACS2的基本参数以及分析结果的文件类型和内容。内容涵盖实验组和对照组的输入、输出文件格式，特别是narrowPeak、xls、summits.bed和bdg文件的用途。
摘要由CSDN通过智能技术生成

ChIP/RNA-seq数据分析前面的流程都一样，都需要安装一些软件，下载基因组和注释文件（非必须，如果有index文件，可省略），做序列对比,。

这个博文主要是针对下游ChIP-seq的分析流程。上一个博客其实已经准备了一点chipseeker(Rstudio上)。后期可能还会有新的RNA-seq学习笔记。之前针对RNA-seq,也做了一次，但是用的是tophat和cufflinks系列，据说比较慢，后期会根据实际情况决定学不学新的方法，学的话继续补充。

可以参考这个RNA-seq分析合集。

用MACS2获取Chip-seq富集区
代码参考：ChIP-seq分析流程

conda activate Python  # MASC2一定要在python2环境下使用。
macs2 callpeak -c IgGold.bam -t suz12.bam -q 0.05 -f BAM -g mm -n suz12 &
macs2 callpeak -c IgGold.bam -t cbx7.bam -q 0.05 -f BAM -
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leo12354
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