使用SnapGene绘制比较基因簇结构图

最新推荐文章于 2024-08-09 08:36:24 发布
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寻找原噬菌体

 

 

1.1 PHAST

打开PHAST （地址见文末），输入基因组Genbank accession number/fasta件，点击submit.

 

下载.jpeg

 

1.2 选择prophage

选取PHAGE_Shigel_SfII下载 (1).jpeg

 

 

NCBI BLAST比对

 

2.1目标序列的比对

通过PHAST比对的结果，如下图标记的前者是基因组里的基因名，后者是噬菌体的GI号，下载蛋白序列进行NCBI blastp比对。

 

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