融合基因功能预测数据库

FusionGDB (地址见文末)

 

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数据库分析流程

由于要分析融合基因的功能，所以第一步就是要选择分析哪些融合基因的功能。这里作者纳入了三个数据库当中和肿瘤相关的融合基因。这三个数据库分别是ChiTaRS 3.1、TumorFusions以及一篇基于TCGA分析融合基因文章(pmid:  29617662)。最终收集到了48000个融合基因，进一步作者对这这些融合基因进行肿瘤相关的功能注释。

 

 

 

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主要注释内容

 

对于这些的融合基因，作者进行了多种功能的注释。

1. 通过开放阅读框进行功能注释。融合基因通过开放阅读框注释成不同的类型。

2. 对可能致癌的机制进行了注释。

3. 对其基因功能变化进行了注释。

4. 以及对下游的基因表达的变化的注释。

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