MSigDB:基因集数据库

最新推荐文章于 2025-03-19 19:02:33 发布

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分类专栏：转录组文章标签： MsigDB GSEA 基因集富集分析

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Gene Set Enrichment Analysis，中文名称为基因集富集分析，是由Broad Institute研究所的科学家提出的一种富集方法，在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件GSEA和一个基因集数据库MSigdb。本章主要介绍这个数据库，官网如下

http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/index.jsp

对于human的基因，从位置，功能，代谢途径，靶标结合等多种角度出发，构建出了许多的基因集合，一个基因集合中就是具有相近位置或类似功能的许多基因的，Broad Institute研究所将它们构建的基因集合保存在MSigDB数据库中。

该数据库是不断更新和完善的，目前最新版本为v6.2, 更新于2018年7月，共收录了17810个基因集。不同版本如下收录的基因集数目变化如下

在这里插入图片描述
如此多的数据，肯定需要分门别类的整理，在MSigDB中，将所有的基因集划分为以下8大类别

1. H: hallmark gene sets

该类别包含了由多个已知的

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MSigDB:GSEA提供的基因集数据库

庐州月光的博客

10-11

8802

欢迎关注”生信修炼手册”!Gene Set Enrichment Analysis，中文名称为基因集富集分析，是由Broad Institute研究所的科学家提出的一种富集方法，在提出该...

使用小鼠数据进行GSEA分析

mosmoon的博客

01-22

8970

使用小鼠数据进行GSEA分析 Molecular Signatures Database (MSigDB) 是一个由Broad研究所创建和维护的重要资源。MSigDB包含了各种各样的资源，并且与多个物种有关，其中主要是人类相关的数据集。目前许多工作是利用小鼠模型研究人类疾病。MSigDB的数据集不能直接使用，需要经过基因映射到小鼠同源基因。最近的工作刚好需要处理这个事情，于是整理了目前的处理方式。利用GSEA工具分析需要的输入数据包括：表达矩阵（GCT，TXT）表型文件（CLS）数据集文件（GM

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MSigDB数据库 | 富集分析需要的基因集该去哪里找？如何选择适合自己数据的基因集？

weixin_43843918的博客

03-12

8481

富集分析可以说是我们的老帮手了！进行富集分析，就不能不提基因集，那基因集我们该去哪里找呢？我们又该如何选择适合自己数据的基因集呢？咱们今天就来浅浅唠一唠！最常见的操作就是去MSigDB数据库找现成的基因集，当然也可以自定义基因集，那既然有现成的，我们为什么还要多此一举去自定义呢？因为呀，总会有新发现的基因集或其它感兴趣的基因的集合对不对，甚至有些物种没有现成的基因集，我们只能自制，所以在之后我会教大家怎么制作自定义基因集，有需求的小伙伴们也可以催催我哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈！！！

MSigDB数据库

weixin_59289660的博客

08-05

9251

包括H（hallmarker gene sets）、C1（positional gene sets）、C2（curated gene sets）等。分子特征数据库 (MSigDB) 是一个收录了带有注释的基因集的数据库，可与 GSEA 软件一起使用。1、在“Search Gene Sets”界面“Keywords”框中输入关键词，如“lactate”3、使用R包clusterProfiler读取.gmt文件。2、选中所需的基因集，并选择导出.gmt文件。MSigDB中的所有基因集被划分为。.........

NCBI数据库实用教程

最新发布

Karka_的博客

03-19

2339

从时代发展的角度看，网络安全的知识是学不完的，而且以后要学的会更多，同学们要摆正心态，既然选择入门网络安全，就不能仅仅只是入门程度而已，能力越强机会才越多。因为入门学习阶段知识点比较杂，所以我讲得比较笼统，大家如果有不懂的地方可以找我咨询，我保证知无不言言无不尽，需要相关资料也可以找我要，我的网盘里一大堆资料都在吃灰呢。干货主要有：①1000+CTF历届题库（主流和经典的应该都有了）②CTF技术文档（最全中文版）③项目源码（四五十个有趣且经典的练手项目及源码）

msigdb:RBioconductor ExperimentHub软件包可访问分子签名数据库（MSigDB）中的基因表达签名

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msigdb AR / Bioconductor ExperimentHub软件包可访问分子签名数据库（MSigDB）中的基因表达签名。

Molecular signatures database (MSigDB) 3.0

NingMeng1024的博客

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生物信息学Msigdb数据库；GSEA富集分析

MSigDB:基因集数据库简介

JjinYyi的博客

12-28

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MSigDB:基因集数据库

基因集富集分析(GSEA)

lazysnake666的博客

06-11

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GSEA简介首先简单介绍一下GSEA，它是2005年在PNAS上发扬光大的方法，沿用至今，目的是看差异表达的基因在哪些基因集中富集。相比于Over-representation只关注显著差异表达的基因，GSEA分析纳入所有基因，将一些微弱但不显著的效应考虑在内。假设做了AHBA的10000个基因表达和大脑表征相关，其中300个基因经过检验是显著相关的，ORA富集分析这30...

基因集富集分析(GSEA)简介

Asa12138的博客

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Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) 是一种用于分析基因表达数据的计算生物学方法，旨在揭示与特定生物学过程、通路或功能相关的基因表达模式。

GSEA软件使用教程：基因集富集分析详解与数据准备

- MSigDB（Molecular Signatures Database）是专为GSEA设计的数据库，提供大量预注释的功能基因集。 - 特点包括：覆盖多种来源和类型的基因集，包括从原始研究、GO、KEGG、TRANSFAC和L2L等网站获取的；同时包含...

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12-12

在给定文件中，提到的一个网址是***，这实际上是麻省理工学院和哈佛大学所属的Broad研究所的一个资源页面，该页面提供了用于基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）的MSigDB数据库。不过这里有一个小...

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MSigDB基因集文件支持两种主要格式：纯文本和XML。纯文本文件提供简单的基因集成员列表，而XML文件则包含额外的注释信息[^1]。对于希望下载并使用这些文件的研究人员来说，官方提供了多种途径来访问不同版本的...

分子特征数据库R包msigdb

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3436

msigdb软件包在R可访问对象中提供分子特征数据库（MSigDB）。分子特征集存储在GSEABase包的GeneSet类对象中，整个数据库存储在GeneSetCollection对象中。然后，这些数据将托管在ExperimentHub上。本文件包中使用的数据来自Broad Institute的MSigDB。每个基因集的元数据与基因集一起存储在基因集类对象中。 GSEA | MSigDB H hallmark gene setsare coherently expressed signatur..

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基因集合打分不考虑基因高低表达基因集合评分不考虑高低表达绝对值基因集合里面的正负表达影响addmodulescore的结果构建的基因集进行评分时基因的高低正负表达基因集合评分不考虑高低表达

生信小博士的博客

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若p=1，则Phit的分母为基因集S中所有基因与性状的关联强度之和，基因集S中每个基因与该性状的关联都对该和进行标准化处理。S3：基因集S3非随机分布，但也并不在top or bottom呈现集中分布模式，ES值较高，但p值不显著。图例：①Phit= 基因集S中的加权和，Pmiss = 非基因集S中的加权和。S1：基因集S1主要分布在排序列表的top端，ES分值较高，p值显著；S2：基因集S2在排序列表中随机分布，ES值低，p值不显著；因此，富集分析的结果结果，要综合考虑p值及ES值两个指标。

一文掌握GSEA富集分析-最详细教程