LSF提交作业命令--bsub

reference: https://blog.csdn.net/l471094842/article/details/94039624

LSF介绍

VNC (Virtual Network Computing)是虚拟网络计算机的缩写。VNC 是一款优秀的远程控制工具软件，由著名的 AT&T 的欧洲研究实验室开发的。VNC 是在基于 UNIX 和 Linux操作系统的免费的开源软件，远程控制能力强大，高效实用，其性能可以和 Windows 或 MAC 中的任何远程控制软件媲美。在Linux 中，VNC 包括以下四个命令：vncserver，vncviewer，vncpasswd，和 vncconnect。

大多数情况下只需要其中的两个命令：vncserver 和 vncviewer。

1、启动VNC服务 使用vncserver命令启动VNC服务，命令格式为“vncserver :桌面号”，其中“桌面号”用“数字”的方式表示，每个用户连个需要占用1个桌面。

2、VNC服务使用的端口号与桌面号的关系 VNC服务使用的端口号与桌面号相关，VNC使用TCP端口从5900开始，对应关系如下：
桌面号为“1” ---- 端口号为5901
桌面号为“2” ---- 端口号为5902
桌面号为“3” ---- 端口号为5903

3、登录VNC 第一种方法是使用VNC Viewer软件登陆测试，启动VNC Viewer软件 ， Server输入“IP:1”，输入密码即可登录。

lsf使用bsub提交作业：

1)后台批处理模式： bsub -R “rusage[mem=40960]” ./myscript
2)后台批处理图形回显模式： bsub -R “rusage[mem=40960]”-XF ./myscript
3)命令行交互模式： bsub -R “rusage[mem=40960]”-Is ./myscript
4)图形交互模式： bsub -R “rusage[mem=40960]”-Is -XF ./myscript

bjobs：查看自己提交作业的概要信息。
bjobs -l ：查看单个作业的详细信息。
bhist -a：查看已运行完毕的作业信息。
bkill -s ：杀死提交的作业。

bsub 命令常见用法如下：

  bsub –n z –q QUEUENAME –i inputfile –o outputfile COMMAND 

其中z代表了提交作业需要的cpu数，–q指定作业提交到的队列，如果不采用–q选项，系统把作业提交到默认作业队列。
inputfile 代表程序需要读入的文件名（例如 namelist等），outputfile 代表一个文件，作业提交后标准输出的信息将会保存到这个文件中。COMMAND是用户要运行的程序。
（1）对于串行程序COMMAND可以直接使用用户的程序名
例如，对一个串行作业mytest， 提交方式为：

bsub –n 1 –q debug –o mytest.out ./mytest 

（2） 对于并行作业COMMAND为“mpirun.lsf 程序名”
例如对于一个72个小时内完成，使用16个cpu的并行作业mytest，提交方式为：

bsub –n 16 –q normal –o mytest.out mpirun.lsf ./mytest 

bsub 命令可以使用输入脚本提交具有相同参数的作业，格式为：
该脚本的参数与命令行"bsub –n Z –q QUEUENAME –o outputfile COMMAND”参数相同。
提交时为 bsub < 脚本名
例如要提交一个72小时内完成，需要16个cpu的并行作业mytest，可以编写作业脚本 bsub.scriptfile

#BSUB –n 16 
#BSUB –q normal 
#BSUB –o mytest.out 
mpirun.lsf ./mytest 

作业提交方法为：

bsub < bsub.scriptfile 

bsub，提交给lsf作业的命令

命令格式
bsub [options] command [argument]
bsub -pack job_submission_file

-q    选择队列
-i     指定输入文件  
-I      交互模式，此时终端不能输入
-o     指定输出文件，作业提交后标准输出的信息会保存到这个文件中。
-e     指定输出文件，作业提交后标准错误输出的信息会保存到这个文件中。
-n     指定作业需要的CPU核
-J     作业的名字
-w  ‘dependecy_expression’  , 提交作业前，指定操作。

 操作有： done  
        ended， 如 –e “ended(aaaa*)” ， 表示作业名中有aaaa的作业，完成之后才可以提交作业
        exit

-W    限定作业运行时间
-K     提交作业，并且等待作业完成。当提交作业后，终端打印“waiting for dispath”。
       当作业完成后，终端打印“job is finished”。作业没有完成，不能提交新的作业。
%J，可表示作业号

LSF(load sharing facility)

分布资源管理的工具，用来调度、监视、分析联网计算机的负载。
目的：
通过集中监控和调用，充分共享计算机的CPU、内存、磁盘、license等资源

一组安装了LSF软件的计算机组成了一个cluster。cluster内的资源统一监控和调度。