17. Lammps命令学习-3之boundary

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分类专栏： ReaxFF MD 文章标签： ReaxFF MD 分子动力学模拟
于 2024-07-23 20:49:44 首次发布
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boundary x y z

  设置全局模拟框的边界条件。
  https://docs.lammps.org/boundary.html

Syntax

boundary x y z

Description
设置全局模拟框的边界条件，若参数值为一个字母如p，则为模拟框的下表面和上表面指定相同的样式p；若为两个字母如pf，则将第一个样式p指定给下表面，将第二个样式f指定给上表面。

boundary x y z

x,y,z = p or s or f or m, one or two letters

  • p : periodic，周期性，粒子可以在边界上相互作用，当粒子从长方体的一端退出时，则在另一端重新进入盒子。 注：对于二维模拟，z维度必须是周期性的（默认值即为p）。

  • f : non-pe

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boundary命令设置box的边界条件，语法比较简单： boundary x y z 参数xyz分别设置该维度的边界条件，最基本的边界条件有四种：p、f、s、m。 lammps支持对同一方向的两个边界设置不同的边界条件，对y方向下表面设置f边界、上表面设置s边界，可以写为： boundary p fs p 1.周期性边界：p 参数p表示周期性边界条件，当粒子从一侧飞出，会从相对应的另一侧再次进入box，一般情况下不会发生“lost atoms”丢失原子错误。 2.固定边界：f 参数f表示box的表面在
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边界条件和周期性是LAMMPS中模拟系统的重要组成部分。合理设置边界条件可以确保模拟结果的准确性和可靠性。周期性边界条件适用于研究无限大或宏观均匀的系统，固定边界条件适用于模拟有限尺寸的系统，反射边界条件适用于模拟粒子在边界处的反弹行为，混合边界条件则允许在不同方向上设置不同的边界条件。通过结合其他模块（如fix命令），可以实现更复杂的模拟场景。
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minimize命令也会造成原子的移动，所以，固定的命令一般要放到minimize之前，不然，在minimize阶段也可能会丢失原子。以上是f边界条件下原子丢失的几种解决办法，没有一个方法是万能的，用哪个方法，还需要具体分析，不能盲目的套用。以切削模拟为例，边界条件设为ppf，在模拟的过程中，箭头处的原子有可能会移动到边界外面造成原子丢失。既然f边界处的原子在弛豫的过程中会移动，可增加一个真空层，给边界原子一个移动的空间。这就存在一个问题，过早的固定边界可能会影响整个体系的弛豫。
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想学习分子动力学却不知道该看哪些书？ 不知道从何下手？ 不想被其他同学落一大截？ 那就加入LAMMPS与分子动力学专项研究群：681058022吧！ 这里有专业的教学老师可以帮助解答你的疑问，也有与你一样想要了解Lammps的小白选手。 相信经过2+2四天的学习一定会有不一样的突破。 那接下来我们先了解LAMMPS是什么吧。 LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。L.
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第一行构建模拟区域（几何模型），称为myreg。模拟区域为block，长方体，xyz范围如上。第二行定义模拟盒子（？），其中含有两种原子。第三行定义第一种原子随机布置，有1500个，341341是随机数种子。后续可以更改，以便进行不同的仿真。第四行定义第二种原子，有100个。
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1.初始化 Units： Units 命令是用来设定模拟的原子类型。 Units style（lammps 现在提供的有 style=LJ、real、metal、si、cgs、electron） LJ 是硬球模型 Real 是真实的原子模型 Metal 是金属原子模型Si 是硅（半导体）原子模型Cgs Electron 是电子模型 Dimension： Dimension 命令是用来定义模拟的维度，默认情况为三维。 Dimension N （N=2，3） Boundary： Boun
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大家好，我是小马老师。 本文介绍lammps官方案例中的一个流体案例，在模型中设置了两个球形障碍物，模拟流体原子绕过障碍物的过程。 本文对案例代码进行注释，以供初学者参考。 本例lammps in文件代码主要包含以下几个部分。 （1）模型基本参数设置 案例采用二维模型，边界条件为psp边界，y方向为自由边界，在模拟过程中也可以看到y方向尺寸会有变化。 dimension 2 boundary p s p atom_style atomic neighbor 0.3 bin neigh_modify del
#in文件模板 #初始模拟系统设置 units metal atom_style atomic boundary p p p neighbor 0.3 bin timestep 0.001 #-----------------建模------------ #read_data final.lmp lattice fcc 3.615 create_atoms 1 box set type 1 type/ratio 3 1 87393 # Ni原子比例调节 #输出原子初始结构 #----------3 力场的设置------- lammps pair_style eam/alloy pair_coeff * * Cu_zhou.eam.alloy Cu #----------4 能量最小化------- # Define settings thermo 100 thermo_style custom step temp pxx pyy pzz thermo_modify flush yes dump 1 all atom 200 mini.xyz min_style cg minimize 1e-15 1e-15 5000 5000 #-----------5 温度初始化-------- velocity all create 300 321456 rot yes dist gaussian #-----------6 弛豫------------- lammps fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1 min_style cg minimize 1e-15 1e-15 5000 5000 lammps fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1 min_style cg minimize 1e-15 1e-15 5000 5000 lammps dump 2 all custom 500 tension.xyz id type x y z v_stressxatom 请根据以上代码，模拟Cu-Ni合金不同元素含量下固溶强化机制的分子动力学模拟研究 确保准确无误，严格lmp格式，cu含量占70%，ni含量占30%，要求势函数正确
最新发布
03-15
<think>好的，我现在需要帮助用户解决关于使用LAMMPS进行Cu-Ni合金固溶强化机制模拟的问题。用户的具体需求是模拟铜占70%、镍占30%的情况，并且需要一个正确的势函数示例代码。首先，我需要回顾LAMMPS的基本操作和合金模拟的常见方法。 首先，用户提到了固溶强化机制，这意味着模拟中需要处理不同原子间的相互作用，以及位错运动等力学行为。势函数的选择至关重要，因为不同的势函数会影响模拟结果的准确性。Cu-Ni合金常用的势函数可能是EAM（嵌入原子法）势，因为EAM适合金属体系的模拟，能够较好地描述金属键的多体效应。 接下来，我需要确定如何生成70% Cu和30% Ni的合金结构。通常，在LAMMPS中，可以使用create_atoms命令随机分配原子类型。例如，先生成FCC晶格，然后随机选择一定比例的原子作为Cu和Ni。这里需要注意的是晶格常数的设置，Cu和Ni的晶格常数不同，可能需要取平均值或者根据文献中的数据进行调整。 然后，势函数的具体实现部分。用户需要正确的势函数文件，可能需要引用NIST提供的EAM势文件，比如CuNi.eam.fs。需要确保这个势函数文件在模拟目录中，并且在LAMMPS输入文件中正确指定路径。 此外，模拟的步骤包括能量最小化、驰豫、以及施加应变进行力学测试。在固溶强化研究中，通常需要观察位错运动或应力-应变曲线，因此可能需要设置周期性边界条件，并采用变形盒子的方法施加应变。 用户可能遇到的问题包括势函数的选择是否正确，原子比例的准确分配，以及模拟过程中是否收敛。需要提醒用户在运行前检查势函数文件的适用性，并进行能量最小化以避免初始结构的不稳定。 最后，生成相关问题需要考虑用户在模拟过程中可能遇到的后续步骤，比如势函数的验证、不同元素比例的影响，以及如何分析模拟结果中的位错动力学。这些问题有助于用户进一步深入研究和验证他们的模拟设置。</think>以下是为您设计的LAMMPS模拟方案，包含固溶强化机制研究的关键实现步骤： ### 一、势函数选择 Cu-Ni合金体系推荐使用EAM势函数，建议采用NIST验证的CuNi.eam.fs势文件[^1]。该势函数能准确描述Cu-Ni合金的原子间相互作用，支持固溶体结构模拟。 ### 二、模型构建代码 ```lammps # 基础参数设置 units metal atom_style atomic dimension 3 boundary p p p # 晶格参数设置 lattice fcc 3.63 region box block 0 20 0 20 0 20 create_box 2 box # 原子生成（70%Cu,30%Ni） create_atoms 1 region box group cu type 1 group ni type 2 set group cu type 1 ratio 0.7 43789 set group ni type 2 ratio 0.3 78934 # 势函数加载 pair_style eam/fs pair_coeff * * CuNi.eam.fs Cu Ni # 能量最小化 min_style cg minimize 1e-25 1e-25 5000 10000 # 驰豫过程 reset_timestep 0 timestep 0.001 fix 1 all nvt temp 300.0 300.0 0.1 thermo 1000 run 10000 unfix 1 # 力学测试（示例：单轴拉伸） fix 2 all deform 1 x erate 0.0001 fix 3 all nvt temp 300.0 300.0 0.1 thermo_style custom step temp pe ke etotal press vol lx run 100000 ``` ### 三、关键参数说明 1. `lattice fcc 3.63`：采用Cu-Ni平均晶格常数(需根据势文件调整) 2. `set group ... ratio`：实现精确原子比例分配的蒙特卡洛方法 3. 应变速率设为$10^{-4}$/ps以保证准静态条件 4. 温度控制采用Nose-Hoover热浴法(NVT系综) ### 四、后处理建议 通过OVITO可视化位错线演化，使用以下命令提取应力数据： ```lammps compute stress all stress/atom NULL dump 1 all custom 1000 stress.dump id type c_stress[1] c_stress[2] c_stress[3] ```
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