BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database

最新推荐文章于 2024-02-19 09:30:00 发布
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分类专栏： blast
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在本地运行BLAST时遇到'No alias or index file found for nucleotide database'错误。建库包括两步：1) 创建mask information files，通过指定输入文件、格式和解析序列ID；2) 使用mask信息创建数据库，指定原始数据库文件、输入类型、数据库类型和mask数据。完成建库后，进行比对，确保使用正确的数据库文件、查询文件和索引文件。

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BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database

在本地使用blast确实比较麻烦，需要两个步骤

  • 建库
  • 比对
    这里，根据官网提供的信息，建库又需要两个步骤；
  • 产生masking data
  • 产生真正的BLAST数据库

1.建库

1.1 创建mask information files.

创建mask informations files有方式，大同小异，在"建库"上的链接可以查询。这里讲一种方法。使用dustmasker方法创建。这个方法在下载的blast的程序里有，直接使用就行。
那么好，我们就开始吧。
假设我们有一个核酸序列数据库，这里的数据库指的就是很多条核酸序列
在这里插入图片描述我这里的文件名为"Nuc.fasta"。

dustmasker -in Nuc.fasta -infmt
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06-10
根据您提供的信息，这个错误提示是因为您要查询的数据库（parv）在 BLAST 的搜索路径中没有找到相应的别名或索引文件。您需要确保数据库已经正确安装，并且已经构建了相应的别名和索引文件。 您可以尝试以下步骤来解决这个问题： 1. 确认您已经正确安装了数据库parv，并且已经将其放在BLAST搜索路径中。您可以使用以下命令来检查您的搜索路径： ``` echo $BLASTDB ``` 2. 如果您已经正确安装了数据库parv，并且已经将其放在BLAST搜索路径中，但是仍然出现错误，请尝试重新构建alias和索引文件。您可以使用以下命令来构建： ``` makeblastdb -in parv.fasta -dbtype prot -out parv ``` 其中，parv.fasta是您的数据库文件，-dbtype指定数据库类型，-out指定输出文件名。 3. 如果您已经重新构建了alias和索引文件，但是仍然出现错误，请尝试检查您的文件路径是否正确，或者尝试重新下载数据库文件并重复步骤2。 希望这些步骤可以帮助您解决问题。
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