gff转化为gtf

最新推荐文章于 2024-05-14 17:07:03 发布
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文章标签： python linux conda 生物信息学
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版权

安装agat软件

conda install -c bioconda agat

如果报错：ClobberError: This transaction has incompatible packages duo to a shared path

那么 conda clean --all

然后再安装

转化gff为gtf

agat_convert_sp_gff2gtf.pl --gff test.gff -o test.gtf

m0_51268845
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2021.04.22【RNA-seq流程】丨count值转换为FPKM值优化2.0
04-22 1万+
优化内容 解决每次转换需要设置样本数和基因数目 实现基因count值与length精准匹配 摘要 大概半年前，我写过一篇将HTseq生成的基因COUNT值转换为FPKM值文章，用于对count的入门级均一化处理。随着项目越做越多，逐渐发现了之前写的脚本的局限性。比如，每次换算都需要设置包括样品数，基因数目等参数。另外，以前的转换脚本哪怕使用同一个gff文件，定量得到的基因数目和makeTxDbFromGFF中exonsby、transcriptsby定义的基因数目可能是不一样的，这就导致cou
SnpHub搭建（二） | 数据预处理与样本描述文件准备
Esctrionsit的博客
08-01 595
SnpHub提供了一个自动化的数据预处理脚本，在填写了配置文件后运行脚本即可（细节在这里https://esctrionsit.github.io/snphub_tutorial/content/Setup/quick_deploy.html）。 但是，对于某些情况，手动预处理数据仍有优势。因此，本文将介绍SnpHub所需数据的手动预处理步骤。同时，还将介绍SnpHub所需的样本描述文件的格式。 本文采用的数据集搭建的SnpHub实例可点击此处查看。 0. 目录1. 数据准备2. 索引FASTA与GFF33
gff2gtf:用于将 GFF 文件转换为 GTF 的 AWK 脚本
06-10
gff2gtf 用于将 GFF 文件转换为 GTF 的 AWK 脚本。 用法： awk -f gff2gtf.awk 文件.gff > 文件.gtf 适用于那些具有 AWK 解释器的操作系统。 该脚本依赖于记录的顺序。 规范不要求对 GFF 进行排序，但通常对记录进行排序。 对于 RSEM： awk -f gff2gtf-strict.awk FILE.gff > FILE.gtf grep -Ev "\sgene\s" FILE.gtf > rsem-ready.gtf 标签： NGS，下一代测序，遗传学，fasta，DNA，RNA，比对，基因组标记。
生信必会格式：GFF和GTF的简介和转换
生信学习
11-13 1万+
GFF和GTF两种格式，算是生物信息学中最基本最常用（见）最重要的数据（信息）存储格式之二了。制表符分隔（ tab-delimited）的文本文件，一般存储基因组注释信息。自1997年以来，这些格式有了很大的发展，尽管现在已有明确的规范，但它们具有很大的灵活性，可以容纳各种各样的信息。生信入门必备，我刚学的时候没有好好记笔记，现在补一下😑。
SEQ 2. 生信工具之GFF和GTF互相转换 (gffread)
最新发布
weixin_41368414的博客
05-14 4424
简 介GTF(基因转移格式)和GFF(通用特征格式)是生物信息学程序常用的文件格式，用于表示和交换有关各种基因组特征的信息，如基因和转录本的位置和结构。GffRead是开源程序，提供了广泛和有效的解决方案来操作GTF或GFF格式的文件。虽然GffRead可以转换、排序、过滤、转换或聚类基因组功能。许多生物医学研究应用采用管道系统地分析基因组中的基因内容。由于转录组学数据的爆炸式增长...
详解GFF转换为GTF文件
庐州月光的博客
09-13 9526
欢迎关注”生信修炼手册”!存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转换两种格式。比如，NCBI 只提供了GFF格式的下载文件，我们需要转换成GTF...
GFF文件转换成GTF文件的步骤
热门推荐
飘羽的博客
04-24 1万+
1、首先需要安装Cufflinks软件：执行命令： gffread **.gff -T -o **.gtf   例如：gffread test.gff -T -o test.gtf安装Cufflinks的步骤：1. 为了安装Cufflinks，必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。    $ tar jxvf boost_1_53_0....
从gtf到gff
薛猫_柳叶刀
08-08 3981
从Ensemble数据库中下载到的基因组坐标文件通常是
GFF3 TO GTF
xxxxx
02-28 5833
GFF3 TO GTFgff3格式是使用gmap软件得到的。 输入文件gff3的格式如下：chr1A IWGSCv1.0_gmap gene 11740 12074 . + . ID=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1.path1;Name=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1
gfftobed:转换GFF3GTF到BED
04-23
该程序采用GFF3或GTF（基于1）格式的输入基因组注释，并将特定特征转换为6列BED格式（基于0），同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时，此功能很有用。 它还可以在每个...
EST gb转fa格式（genebank和fasta）与提取gtf的noncoding区域
浮生终有醒
10-08 4716
两个程序比较简单，高手免看了，就是想保存一下，以后说不定直接就用了。。。 EST的数据库是genebank格式，找了一圈没发现转换的程序，就自己写了一个，还算可以，就是没有用多线程来做。。。 #!/usr/bin/env perl use strict; use warnings; use Getopt::Long; my %opt; GetOptions(\%opt, "i=s",
NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[2] - sam/bam格式
hucy_Bioinfo
09-27 1581
测序得到的是带有质量值的碱基序列(fastq格式)，参考基因组是(fasta格式)，用比对工具把fastq格式的序列比对到对应的fasta格式的参考基因序列，就可以产生sam格式的比对文件。把sam格式的文本文件压缩成二进制bam文件可以节省空间。
gffutils:GFF和GTF文件操作和互转换
05-25
gffutils是一个Python软件包，用于处理和处理通常用于基因组注释的GFF和GTF格式文件。 文件被加载到sqlite3数据库中，与仅使用纯文本方法相比，可以对层次结构特征（例如，基因，转录本和外显子）进行更为复杂的操作。 请参阅文档。
GFF/GTF简介及格式转换
weixin_56827666的博客
04-27 6443
最近做转录组的比对时，在建立索引过程中，遇见一个问题，就是我从ncbi下载的序列文件和gtf文件中，染色体命名规则竟然不一样，但序列文件和gff文件染色体命名规则是一样的，具体来说：序列文件和GFF文件中染色体位置以GWHAMMI开头，可是，gff文件又没办法直接和基因组fasta文件搭配使用，只好将 gff文件转gtf文件了。gff和gtf格式都可以储存基因信息，有很多共同点，存储信息侧重点又不一样，最主要的是不同的软件对于文件格式的要求不同，有时候你找不到需要的格式文件时，就得用另一个格式文件进行转换，
GTF/GFF文件的差异及其相互转换
weixin_30414635的博客
07-25 957
我们在做生物分析的时候，经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字，甚至连内容都极为相似~那么，他们究竟差在哪里呢？ GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成，这两种文件...
AGAT|GTF/GFF文件处理工具
weifanbio的博客
12-03 1591
AGAT AGAT是Another Gff Analysis Toolkit的缩写, 是一个用于处理GTF/GFF文件的工具。AGAT 有检查、修复、填充任何类型的 GTF 和 GFF 的缺失信息（特征/属性），以创建完整、排序和标准化的 gff3 格式。 01 安装 conda安装AGAT conda install -c bioconda agat 包含的部分脚本如下： 其中脚本名称中的_sp_与_sq_具有特殊含义。 _sp_代表SLURP, 即脚本会一次性全部读入gff文件至内存。这样虽然消耗的
gtf与gff3文件【格式】【转换】
GeekFocus
08-31 8977
GFF3 官方 General Feature Format Version 3 存储序列结构信息的一种数据格式。序列结构就是一个scaffold或者染色体上面每个位置都是什么序列元件。 GFF每一行代表一个序列元件（以#为开头的注释行除外），一行9列9个属性，必须tab分割，属性为空用“.”代替。 1. seqid - scaffold或者chromosome的名称说明 2. source - 产生一个序列元件的软件的名称或者数据源（数据库名称或者项目名称） 3. type - 序列元件的类型，例如：
GTF/GFF文件格式解读和转换
weixin_44649331的博客
12-14 4443
GFF文件 全程为gerneral feature format，这种格式主要用来注释基因组。 从Ensembel 导出的GFF文件实例，一共有9列，中间用tab键分开。 **1.seq_id:**序列编号，一般为chr或者scanfold编号； **2.source：**注释的来源，一般为数据库或者注释机构，“.”表示未知； **3.type：**注释信息的类型，比如Gene、cDNA、mRN...
GTF/GFF文件的差异及其相互转换（转载）
人间飞羽
06-07 902
GTF/GFF文件的差异及其相互转换（转载）
gffread处理工具
weifanbio的博客
11-04 2645
GFF/GTF格式 01 格式 1.GFF（general feature format ): 通用特征格式，格式由每个特征一行组成，每行包含9 列数据，以及可选的轨道定义行； 2.GTF（gene transfer format ): 通用传输格式，与GFF版本2相同。 02 功能 1.GFF用来注释基因组 2.GTF用来注释基因，比如基因在染色体上的位置（coordinate）及这段区间的其他信息 3. GTF文件和GFF文件都是由9列信息组成，并且这两种文件的前8列基本上是相同的，最后一列信息显示不一
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