GFF文件转换成GTF文件的步骤

1、首先需要安装Cufflinks软件：

执行命令： gffread **.gff -T -o **.gtf   

例如：gffread test.gff -T -o test.gtf

安装Cufflinks的步骤：

1. 为了安装Cufflinks，必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。

    $ tar jxvf boost_1_53_0.tar.bz2

    $ cd boost_1_53_0

    $ ./bootstrap.sh

    $ sudo ./b2 install

2.安装SAM tools（前面已经介绍了samtool的详细安装步骤）。

    $ tar jxvf samtools-0.1.18.tar.bz2

    $ cd samtools-0.1.18

    $ make

    $ sudo su 

    # mkdir /usr/local/include/bam

    # cp libbam.a /usr/local/lib

    # cp *.h /usr/local/include/bam/

    # cp samtools /usr/bin/

3. 安装 Eigen libraries。

 下载Eigen

   $ tar jxvf 3.1.2.tar.bz2

   $ cd eigen-eigen-5097c01bcdc4

   $ sudo cp -r Eigen/ /usr/local/include/

4. 安装Cufflinks。

   $ tar zxvf cufflinks-2.0.2.tar.gz

   $ cd cufflinks-2.0.2

   $ ./configure --prefix=/path/to/cufflinks/install --with-boost=/usr/local/ --with-eigen=/usr/local/include//Eigen/

   $ make

   $ make install

5. 可以直接下载Linux x86_64 binary。不需要上述繁琐步骤，解压后的程序直接可用。