本人还未深入了解blast,自己跑的时候遇见的问题
如果你有Gma.pep文件和Vvi.pep文件(蛋白质)
Vvi文件建库
我出现问题的语句为:
…>blastp -query Gma.pep -db Gma -out Vvi_Gma.blast -outfmt 6 -max_target_seqs 10 -evalue 1e-5 -num_threads 8
问题在于-db Gma 应该改为-db Vvi(建库的)
即:
…>blastp -query Gma.pep -db Vvi -out Vvi_Gma.blast -outfmt 6 -max_target_seqs 10 -evalue 1e-5 -num_threads 8