大家好,最近小编经常在后台看见小伙伴们的留言,有好多小伙伴对thermo_style命令还不是很熟悉,本期小编就具体讲解一下lammps中的thermo_style命令,当然,具体大家也可以在lammps官网查看手册。
01
官网介绍
1.thermo_style 命令介绍
thermo_style 命令在我们模拟过程中,可实时将我们模拟的一些参数显示到lammps运行窗口中,也可运行后的log文件中查看,如下图所示:
2.thermo_style 命令语法
thermo_style style args
其中style: one, multi, custom,custom是我们最常用的格式。具体如下:
thermo_style custom
args为用户自定义的输出类型有:
step, elapsed, elaplong, dt, time,cpu, tpcpu, spcpu,
cpuremain, part, timeremain,atoms, temp, press, pe,
ke, etotal, evdwl, ecoul, epair, ebond, eangle,
edihed, eimp, emol, elong, etail, enthalpy,
ecouple, econserve,vol, density, lx, ly, lz, xlo,
xhi, ylo, yhi, zlo, zhi, xy, xz, yz, xlat, ylat,
zlat, bonds, angles, dihedrals, impropers, pxx,
pyy, pzz, pxy, pxz, pyz,fmax, fnorm, nbuild,
ndanger, cella, cellb, cellc, cellalpha,
cellbeta, cellgamma, c_ID, c_ID[I], c_ID[I][J],
f_ID, f_ID[I], f_ID[I][J], v_name, v_name[I]
具体介绍如下:
step = 时间步长
elapsed = 从这次运行开始的时间步数
elaplong = 在一系列运行中,从初始运行开始的时间步数
time = 仿真时间
cpu = 从本次运行开始的CPU耗时,以秒为单位
tpcpu = 每个CPU秒的时间
spcpu = 每CPU秒的时间步数
cpuremain = 运行中剩余的估计CPU时间
part = 分区(0到Npartition-1)
timeremain = 计时器超时后的剩余时间(秒)
atoms = 原子数量
temp = 温度
press = 压力
pe = 总势能
ke = 动能
etotal = 总能量(pe + ke)
evdwl = 范德瓦尔斯对能量(包括etail)。
ecoul = 库仑式成对能量
epair = 成对能量(evdwl + ecoul + elong)。
ebond = 键能
eangle = 键角能
edihed = 二面体能量
eimp = improper energy
emol = 分子能量(ebond + eangle + edihed + eimp)
elong = 长程kspace能
etail = 范德瓦耳斯能量长程尾部校正
enthalpy = 焓(etotal + press*vol)
ecouple = 由于热/巴罗状态固定而产生的累积能量变化
econserve = pe + ke + ecouple = etotal + ecouple
vol = 体积
density = 系统的质量密度
lx,ly,lz = x,y,z中的盒长
xlo,xhi,ylo,yhi,zlo,zhi = 箱体边界
xy,xz,yz = 三线(非正交)模拟箱的箱体倾斜度
xlat,ylat,zlat = 由lattice命令计算的格子间距
pxx,pyy,pzz,px = 压力张量的六个分量
fmax = 在任何维度上任何原子上的力的最大分量
fnorm = 所有原子的力向量的长度
nbuild = 构建邻居列表的次数
ndanger = 构建的危险邻居列表的数量
cella,cellb,cellc = 周期性单元格常数a,b,c
cellalpha, cellbeta, cellgamma =
周期性单元格角度alpha,beta,gamma
c_ID = 用ID计算出的全局标量值
c_ID[I] = 用ID计算的全局向量的第I个分量
c_ID[I][J] = 用ID计算的全局数组的I,J分量
f_ID = 全局标量值,由带ID的固定计算得出
f_ID[I] = 带ID的定值计算的全局向量的第I个分量
f_ID[I][J] = 由带有ID的定值计算的全局数组的I,J分量
v_name = 由一个带有名字的等式变量计算的值
v_name[I] = 由一个带有名字的向量式变量计算的值
3.举例
thermo_style custom step temp press pe ke