Chip-seq分析笔记

最新推荐文章于 2024-09-04 07:13:44 发布
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分类专栏： 生信分析 文章标签： chip mac
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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_61637806/article/details/120791378
版权
本文详细记录了CHIP-seq数据的分析步骤，包括软件安装、环境配置、数据处理、比对、质控、峰呼叫、差异分析、Homer motif分析以及ROSE寻找超级增强子的过程，主要涉及的工具有trim_galore、FastQC、bowtie2、samtools、MACS2、Homer和ROSE。
摘要由CSDN通过智能技术生成

目录

前言

一、软件安装

二、创建环境及安装软件

1.创建环境 chipseq

2.chipseq 环境下安装软件

三、具体分析步骤

1.数据来源

2.下载数据并重命名

3.fastq 文件转换（--sra-id 此步骤把 SRR 的名称改掉，加快运行速度，速度非常快）

4.质控

4.1 trim_galore

4.2 FastQC质控报告生成（旧的数据）

5.bowtie2比对(15min/file)

6.samtools sam 转换 bam

6.1view &sort

6.2 index

7.bamCoverage BW转换 bam 转换成 bw

8.IGV查看 bw文件 peak

9.MACS2 callpeak

10.MACS2 差异分析（2021-10-15 待完善）

11.Homer 分析 motif

11.1查看所有的 list:

11.2下载注释信息

11.3 Create a tag directory

11.4 Differentially Bound Peaks（找差异peak）

11.5 Annotate peaks（Peak注释）

用 R 把差异peak 和 Peak 注释合并：fread,merge 函数

11.6 其他功能

12. ROSE 寻找超级增强子 SE（super enhancer）

12.1 参考教程： ROSE | 超级增强子鉴定

12.2 ROSE 安装见上

12.3 ROSE 寻找 SE

前言

自己做笔记自己看的

一、软件安装

  设备：mac m1 电脑

 ​                 ​​​​​​ Anaconda | Individual Edition  下载链接

                   Installing on macOS — Anaconda documentation 帮助链接

               pycharm CE

二、创建环境及安装软件

1.创建环境 chipseq

conda  create -n chipseq  python=3
	conda activate chipseq #激活环境
	conda deactivate

2.chipseq 环境下安装软件

ps:一项一项安装，不然容易卡住

conda install -y bioconda parallel-fastq-dump  #SRR→FASTQ 转换

conda install -y trim-galore #质控

conda install -y bioconda bowtie2 # fastq比对到 hg19

brew tap homebrew/science 

brew install samtools #sam 转化为 bam

conda install -y macs2 #峰值定量，差异分析

conda install -y conda-forge libgfortran #macs2 差异分析辅助用

conda install -y bioconda deeptools #可视化
   #包含 bamcoverage
    https://deeptools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/bamCoverage.html

IGV 下载https://software.broadinstitute.org/software/igv/download #可视化

ROSE 安装

https://bitbucket.org/young_computation/rose/src/master/ ROSE 下载
#把所有要处理的文件都放到 rose 文件夹：sorted.bam, bed,bam.bai
#创建 Python2.7
	conda  create -n rose  python=2.7
	conda activate rose

Homer安装

perl configureHomer.pl -install

open -a TextEdit ~/.bash_profile

PATH=$PATH:/Users/chucknorris/homer/bin/  #路径加入到系统路径中

source ~/.bash_profile
  • perl configureHomer.pl -list #查看所有的 list

三、具体分析步骤

1.数据来源

使用数据Wang J, Zou JX, Xue X, Cai D et al. ROR-γ drives androgen receptor expression and represents a therapeutic target in castration-resistant prostate cancer. Nat Med 2016 May;22(5):488-96. PMID: 27019329

GSM1868876: C4-2B vehicle Input chip seq; Homo sapiens; ChIP-Seq(SRR2242690)

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR2242690

GSM1868866: C4-2B vehicle AR chip seq; Homo sapiens; ChIP-Seq(SRR2242680)

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR2242680

GSM1868862: 2nd time C4-2B vehicle AR chip seq; Homo sapiens; ChIP-Seq(SRR2242676) 
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我们必须将我们的计数矩阵提供给 countData 参数，我们的元数据 data.frame 提供给 colData 参数，并且我们在 rowRanges 的可选参数中包含我们可以依靠的非冗余峰值集。正如我们之前所见，我们可以使用 BamFileList() 函数来指定要计数的 BAM，重要的是，为了控制内存，我们使用 yield() 参数指定一次要保存在内存中的读取次数。我们的 DESeq2 对象已更新，以包含有用的统计信息，例如我们的标准化值和每个非冗余峰调用中的信号方差。
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parallel-fastq-dump 使用教程 parallel-fastq-dumpparallel fastq-dump wrapper项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/parallel-fastq-dump 项目介绍 parallel-fastq-dump 是一个用于加速 fastq-dump 过程的工具，通过并行处理提高下载速度。fastq-...
CHIP-seq流程学习笔记（8）-使用MACS2 bdgdiff提取非生物学重复样本间差异peak进行注释
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Linux操作系统 数据来源 GSE70606 从NCBI上下载数据 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra->instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR208/SRR2089657/SRR2089657.sra #安装sratoolkit wget htt
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本周学习一下CHIP-seq。 并根据网上的教程，自己实践一下， 一方面是要为了弄清楚什么是chip-seq, 这个技术有什么用，另一个方面是想学习一下这个技术如何来实践， 本文参考的文章主要来自生信技能树，以及简书上的其他作者写的教程，由于每个人在做分析时，使用的操作系统不一样，所以网上的代码在自己的电脑上进行运行的时候经常出现问题，这需要每个人针对自己的情况进行分析和总结。 本次分析采用...
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该项目为Tommy Tang的ChIP-seq分析笔记解析，采用Python语言编写，包含48个文件，其中27个为PNG图片，15个为Markdown文档，2个为Python脚本，1个为许可证文件，1个为YAML配置文件，以及1个Snakefile。该源码集成了...
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使用的测试数据均来自文章: The transcriptional repressors VAL1 and VAL2 mediate genome-wide recruitment of the CHD3 chromatin remodeler PICKLE in Arabidopsis https://academic.oup.com/plcell/article/34/10/3915/6648467?login=falseGEO accession: GSE186157 (https://www.ncb
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删除冗余启动子, 筛选。
parallel-fastq-dump是一个大坑
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在Windows下完成ChIP-Seq分析
Nuvolar
10-27 2408
纯粹就是记录下如何在Window下完成ChIP-Seq,并没有详细讲解ChIP-Seq的原理和每一步背后的含义。想深入了解可以翻生信技能树，生信宝典，组学大讲堂等等公众号。本文里的命令都是用(powershell or cmd, 部分需要cygwin64) 和 R脚本。 本文参考文章 Genome‑wide discovery of OsHOX24‑binding sites and regulation of desiccation stress response in rice 工具准备 conda （
ChIP-seq 分析：教程简介（1）
冷冻工厂
02-05 992
简介 本课程[1]介绍 Bioconductor 中的 ChIPseq 分析。该课程由 4 个部分组成。这将引导您完成正常 ChIPseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异 ChIP 分析。 课程材料和练习可在 https://rockefelleruniversity.github.io/Intro_To_R_1Day/ 上以呈现的 HTML 形式查看。 环境准备 IGV IGV 可以从 BROAD 网站安装。 》 https://www.
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03-13 3192
NCBI下载文献中提到的数据时，都会遇到数据较多，下载较慢的问题，本文提供了一个shell脚本可以批量化下载数据，提高工作效率。比如说，有一个Project号为PRJNA229998，GEO号为GSE52778的项目（转录组数据既有Project号也有GEO号，两者对应的同一个项目），该项目测了哮喘病人服用两种药后气道平滑肌的转录组，网址为，我想要下载服用Alb这种药和对照组为服药的转录组数据，大体分为三步走，一是拿到SRA号，二是筛选想要的SRA号，三是下载。
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这一部分是使用deeptools对样品进行相关性分析以及主成分分析，同时从peak中去挖掘motif。我使用的工具是MEME-ChIP，MEME是一个工具系列，挖掘motif的工具比较丰富，MEME、DREME、TomTom、MEME-ChIP，其中MEME-ChIP可以同时调用其他几个工具进行综合分析，比较方便。 deeptools是一个很好用的深度分析工具，中文版使用手册可以让你快速上手（虽然翻译有些直，但竟然看得懂！）。在进行相关性分析和主成分分析之前，需要对样品数据进行一个综合统计，deeptoo
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