Scanpy教程-预处理和聚类数据集

于 2025-02-25 21:16:09 发布
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单细胞文献学习(part4)--SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis
小山羊的学习日志
07-15 437
SCANPY是一个用于分析单细胞基因表达数据的可扩展工具包.它包括预处理、可视化、聚类、伪时间和轨迹推断、差异表达测试和模拟基因调控网络的方法.其基于Python的实现有效地处理了超过一百万个细胞的数据集(https//github.com/theislab/Scanpy)....
Scanpy（4）用与数据整合和批次处理
xiaoyaozizai017的博客
06-05 1499
对ingest整合好的数据集进行PCA。屏蔽pca之后的图对比：发现，
scanpy 教程 1：预处理和聚类 3k PBMCs
🧑‍🎓 博士研究生在读 🔬 分享生物信息学、神经生物学方面的知识 💬 合作请在后台留言
10-08 1026
如果你想与那些只想将此文件用于可视化的人共享此文件，减少文件大小的一个简单方法是删除密集 scaled 和 corrected 的数据矩阵。注意，Leiden 聚类直接对细胞的邻域图进行聚类，我们在上一节中已经计算过了。您还可以考虑更强大的差异测试包，如 MAST、limma、DESeq2，对于python，还有最近的 diffxpy。通过运行主成分分析（PCA）来降低数据的维度，主成分分析揭示了变化的主轴并对数据进行去噪。本质区别在于，在这里，我们使用多变量近似，而传统的微分测试是单变量的。
最全的Scanpy教程笔记 Preprocessing and clustering 3k PBMCs
weixin_43314378的博客
03-28 3226
代码来源scanpy的官方教程代码的解释来源web本人也在学习scanpy分析单细胞数据，但是网络上对于scanpy的流程并没有太多详细的解释。这些是我上网搜索的相关解释，仅供参考，不喜勿视。
【单细胞】使用Scanpy进行单细胞数据预处理
sxl的博客
02-03 786
【代码】【单细胞数据预处理】使用Scanpy进行单细胞数据预处理。
Scanpy 开源项目教程
gitblog_00154的博客
09-15 619
Scanpy 开源项目教程 scanpy Single-cell analysis in Python. Scales to >1M cells. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/s...
scanpy学习 教程 就像seurat教程一样
生信小博士的博客
12-27 985
Tutorials — Scanpy 1.9.1 documentation 教程汇总 所有关于scanpy的教程 Usage Principles — Scanpy 1.9.1 documentation 总的介绍 API — Scanpy 1.9.1 documentation 常用命令汇总总结 读取数据 Datasets读取数据集 内置数据集 https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/plotting/core.html sca
scRNA-seq scanpy教程1：准备工作+AnnData数据结构理解
weixin_62528784的博客
02-10 1533
开一个新坑，单细胞多组学分析，预计R和python版本都会更新，与机器学习同步更新
rna聚类分析_实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析
weixin_34489089的博客
01-12 1708
R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据(尤其是超过250k的细胞量)，即使在服务器当中运行，Seurat、metacell、monocle这一类的R包的使用还是会产生内存不足的问题。但是最近我发现了一个基于python的单细胞基因表达分析包scanpy，能够很好地在我这个仅4G内存的小破机上分析378k的细胞，并且功能丰富程度...
单细胞RNA-seq数据聚类：细胞类型鉴定与特征研究综述
实验通常通过模拟数据或真实scRNA-seq数据集来评估聚类的准确性和稳定性，考察它们在发现细胞群、维持细胞类型结构以及识别稀有细胞类型方面的表现。 通过对这些方法的评估，作者指出，选择适当的聚类方法取决于...
Python库 | scanpy-0.2.9-cp36-cp36m-macosx_10_12_x86_64.whl
03-24
在生物信息学领域，Python库如`scanpy`、`pandas`、`numpy` 和 `scikit-learn` 等为科学家提供了强大的工具，使得他们能高效地处理复杂的数据集。 总的来说，`scanpy` 是单细胞分析领域的必备工具之一，它简化了...
Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)
coffeeii的博客
05-23 4738
文章参考至，做了一个更详细的解读。本教程探讨了 scanpy 的可视化可能性，分为三个部分：嵌入的散点图（例如 UMAP、t-SNE）使用已知标记基因鉴定簇差异表达基因的可视化在本教程中，我们将使用来自 10x 的数据集，其中包含来自PBMC的 68k 个细胞。Scanpy 在其分布中包括该数据集的简化样本，该数据集仅包含 700 个细胞和 765 个高度可变的基因。该数据集已经过预处理和 UMAP 计算。在本教程中，我们还将使用以下文献标记：B细胞：CD79A、MS4A1。
Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)
coffeeii的博客
05-23 2221
文章参考至，做了一个更详细的解读。数据由来自健康捐赠者的 3k PBMC组成，可从 10x Genomics 免费获得。
scRNA-seq scanpy教程2：单样本处理
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02-12 1189
scanpy单样本分析章节
Scanpy（1）数据结构和样本过滤
xiaoyaozizai017的博客
04-21 1610
Scanpy 是一个可扩展的工具包，用于分析与 AnnData（一种数据结构）联合构建的单细胞分析数据。通过conda，使用命令cd。
单细胞分析的 Python 包 Scanpy（图文详解）
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Baimoc
07-14 3万+
文章目录一、安装二、使用1、准备工作2、预处理过滤低质量细胞样本3、检测特异性基因4、主成分分析（Principal component analysis）5、领域图，聚类图（Neighborhood graph）6、检索标记基因7、保存数据8、番外 一、安装 如果没有conda 基础，参考： Conda 安装使用图文详解（2021版） pip install scanpy conda install -y -c conda-forge leidenalg 二、使用 1、准备工作 # 载入包 import
scanpy 运行官方教程umap图片形状奇怪
依然At的博客
09-12 828
scanpy 运行官方教程umap图片形状奇怪
Scanpy（3）单细胞数据分析常规流程
xiaoyaozizai017的博客
06-05 1818
面对高效快速的要求上，使用R分析数据越来越困难，转战Python分析，我们通过scanpy官网去学习如何分析单细胞下游常规分析。数据3k PBMC来自健康的志愿者，可从10x Genomics免费获得。在linux系统上，可以取消注释并运行以下操作来下载和解压缩数据。最后一行创建一个用于保存已处理数据的目录write，后面直接使用保存的数据，能快速加载数据。
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