生物信息之利用lftp上传原始数据到GEO

我们生物信息分析需要向NCBI或者GEO上上传大批量数据，而采用FTP工具会经常因为网络不稳定的原因出现问题。首先在服务器安装 lftp工具，可以自动快速的上传数据。具体使用方法如下：

 

首先生成一个lftp运行的脚本 run.lftp，并放在上层目录，该文件包括：

 

open -u geo,passwdftp-private.ncbi.nih.gov  # -u 后面需要输入GEO给的FTP账户，密码和地址（需提前申请）

mkdir -p fasp/example  # 在GEO上建立自己的目录

cd fasp/example 

cache size 300000  # 设置缓存大小，此处请勿设置过大，占用服务器的缓存太多会导致其他程序无法运行

set cmd:parallel 8  # 设置使用的线程，并行上传，速度*线程数，此处由于天工网速的限制，建议不要设太大！

mput *  # 将本地服务器工作目录下的所有文件上传至GEO对应的目录

 

之后，在放置上传文件的文件夹运行该脚本： nohup lftp -f../run.lftp > ../run.lftp.out &

 

值得注意的是，GEO上只能上传或覆盖原有的文件或目录，而不能删除，所以上传出错的话，可以尝试在本地新建一个同名的空文件或文件夹，然后运行上传脚本。