生物信息学之数据库

主要序列数据库【转载+收藏】 名称 地址 说明 DDBJ序列数据库 http://www.ddbj.nig.ac.jp 所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目 EMBL序列数据库 http://www.ebi.ac.uk/embl.html 所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目 GenBank序列数据库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov 所有已知的核酸和蛋白质序列数据库，国际核酸序列数据库合作项目 STACK http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html 非冗余的基因簇 TIGR基因索引 http://www.tigr.org/tdb/index.shtml  非冗余的基因簇 UniGene http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ 非冗余的基因簇 比较基因组学 名称 地址 说明 COG数据库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/ 基于43个已完成基因组测序的微生物的蛋白质的进化分析的同源基因蔟 XREFdb http://www.ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/ 模式生物遗传学和哺乳类表型之间的交叉索引 ASDB http://Cbcg.nersc.gov/asdb 具有不同剪接形式基因的蛋白质产物和表达模式 基因表达 名称 地址 说明 Axeldb http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.htm 爪蟾的基因表达 BodyMap http://Bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp 人和小鼠基因表达数据 EpoDB http://www.cbil.upenn.edu/EpoDB/ 脊椎动物红细胞基因表达 FlyView http://Pbio07.uni-muenster.de 果蝇的发育和遗传 GXD基因表达数据库 http://www.informatics.jax.org/mgihome/GXD/aboutGXD.shtml  小鼠的基因表达和遗传 肾脏发育数据库(KDD) http://golgi.ana.ed.ac.uk/kidhome.html  肾脏发育和基因表达 MAGEST http://www.genome.ad.jp/magest/welcome.html 海鞘基因表达模式 MethDB http://www.methdb.de DNA甲基化数据、模式和轮廓 小鼠基因表达数据库(MAGED) http://Genex.hgu.mrc.ac.uk 与组织相关的基因表达数据 PEDB http://www.pedb.org/ 正常和异常的前列腺基因表达 RECODE http://Recode.genetics.utah.edu 表达过程中采用程序化翻译编码的基因 斯坦福微阵列数据库(SMD) [url=http://genome-www.stanford.edu/microarray]http://Genome-www.Stanford.edu/microarray[/url] 来自微阵列实验的原始和均一化了的数据 TRIPLES http://Ygac.med.yale.edu/triples/triples.htm 酵母中转座子—插入表型、定位和表达 牙齿发育数据库(TDD) http://Bite-it.Helsinki.fi 牙组织发育中的基因表达 基因特征和结构 名称 地 址 说 明 AllGenes http://www.allgenes.org 人和小鼠基因索引、整合基因、转录和蛋白注释 Ares Lab Intron Site http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/yeast_introns.html 酵母剪接体和内含子 COMPEL http://compel.bionet.nsc.ru/ 复合调控元件（Composite regulatory elements） CUTG http://www.kazusa.or.jp/codon/ 遗传密码使用表 DBTBS http://dbtbs.hgc.jp/ 枯草杆菌反式作用因子和启动子 EID http://mcb.harvard.edu/gilbert/EID/ 内含子、外显子数据库 EPD http://www.epd.isb-sib.ch/ 通过实验获得的真核生物POL II启动子非冗余数据库 ExInt http://intron.bic.nus.edu.sg/exint/exint.html  真核生物外显子和内含子结构 HUNT http://www.hri.co.jp/HUNT 注释了的人类全长cDNA序列 IDB/IEdb http://nutmeg.bio.indiana.edu/intron/index.html 内含子序列和进化 PLACE http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE 植物顺式调控元件 遗传学和物理图谱 名称 地址 说明 DRESH http://www.tigem.it/LOCAL/drosophila/dros.html 果蝇突变基因同源的人cDNA克隆 G3-RH http://www-shgc.stanford.edu/RH/ 斯坦福G3和TNG辐射杂交图谱 GB4-RH http://www.Sanger.ac.uk/Software/RHserver/RHserver.shtml 人辐射杂交图谱Genebridge4 (GB4) GDB http://www.gdb.org/ 人类基因和基因组图谱 GenAtlas http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/  人类基因、标记和表型 GenMapdb http://genomics.med.upenn.edu/genmapdb 已经定位的人BAC克隆 GenMap’99 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genemap/ 国际辐射图谱合作项目下的人类基因图谱 HugeMap http://www.infobiogen.fr/services/Hugemap 人类基因组遗传和物理图谱数据 IXDB http://ixdb.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/ 人类x染色体物理图谱 RHdb http://www.ebi.ac.uk/RHdb 辐射杂交图谱数据基因组数据库 名称 地址 说明 AceDB http://www.sanger.ac.uk/Software/Acedb/ 线虫(C.elegans),酵母(S.pombe)的序列和基因组信息 AmmtDB http://bighost.area.ba.cnr.it/mitochondriome/ 寄生虫(Metazoan)线粒体DNA序列 ArkDB http://www.thearkdb.org/sites.html 农业相关和其他动物的基因组数据库 综合的微生物资源(CMR) http://www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/CMRHomePage.spl 已完成测序的微生物基因组 CropNet http://ukcrop.net/ 农作物基因组图谱 CyanoBase http://www.kazusa.or.jp/cyano/ Synechocystis sp.基因组 EMGlib http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html 已完成基因组测序的细菌、古细菌、酵母 EcoGene http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/ 大肠杆菌(E.coli)K-12的序列 FlyBase http://www.fruitfly.org/ 果蝇基因序列和基因组信息 Full-Malaria http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp/ 红细胞期恶性疟原虫的全长cDNA文库 GOBASE http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/gobase.html 细胞器基因组数据库 GOLD http://igweb.integratedgenomics.com/GOLD/ 已完成和正在进行测序项目的信息 HIV序列数据库 http://hiv-web.lanl.gov/ HIV的RNA序列 Human BAC Ends Database http://www.tigr.org/tdb/humgen/bac_end_search/bac_end_intro.html 非冗余的人类BAC末端序列 ICB http://www.mbio.co.jp/icb 采用蛋白编码进行细菌的分类和鉴定 INE http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html 水稻的遗传学、物理图谱和序列数据 MITOMAP http://www.mitomap.org/  人类线粒体基因组 MITOP http://mips.gsf.de/proj/medgen/mitop/ 线粒体蛋白、基因和疾病 苜蓿属基因组数据库(MGI) http://www.noble.org/medicago/ 模式苜蓿属荚果(1egumeMedicago)的ESTs、基因表达和蛋白质组数据 Mendel数据库 http://www.mendelbio.com/ 利用基因家族信息注释的植物EST和STS序列数据库 MitoDat http://www-lecb.ncifcrf.gov/mitoDat/ 线粒体蛋白(以人类为主) 小鼠基因组数据库(MGD) http://www.informatics.jax.org/ 小鼠遗传学和基因组 慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS) http://www.mips.biochem.mpg.de/ 蛋白质和基因组序列 NRSub http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html 枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)基因组 PlasmoDB http://plasmodb.org/ 疟原虫属(Plasmodium)基因组 酵母基因组数据库(SGD) [url=http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces]http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces[/url] 酿酒酵母基因组 TIGR微生物数据库 http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdbcomplete.html 微生物基因组和染色体 拟南芥信息资源(TAIR) http://www.arabidopsis.org/ 拟南芥基因组 ZFIN http://www.zfm.org/ 斑马鱼遗传学、基因组和发育数据 ZmDB http://zmdb.iastate.edu/ 玉米基因组数据库 分子间相互作用 名称 地址 说明 生物分子交互作用网络数据库(BIND) http://binddb.org/ 分子间相互作用、复合物和通路 DIP http://dip.doe-mbi.ucla.edu/ 蛋白质之间相互作用目录 DPInteract http://arep.med.harvard.edu/dpinteract/ 大肠杆菌DNA结合蛋白的结合位点 核糖体交叉链接数据库(DRC) http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/ 名称 地址 说明 ENZYME http://www.expasy.ch/enzyme/ 酶命名 EcoCyc http://biocyc.org/ecocyc/ 大肠杆菌(K-12)基因组、基因产物和代谢通路 EpoDB http://www.cbil.upenn.edu/EpoDB/ 人红细胞生成过程中的基因表达 京都基因和基因组百科全书(KEGG) http://www.genome.ad.jp/kegg/ 代谢和调节通路 LIGAND http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html 酶的配体、底物和反应 RegulonDB http://kinich.cifn.unam.mx:8850/db/regulondb_intro.frameset 大肠杆菌转录调节和操纵子结构 UM-BBD http://www.labmed.umn.edu/umbbd/ 微生物生物催化反应和生物降解通路 WIT2 http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/ 功能治疗和代谢模型发育的集成系统 突变数据库 名称 地址 说明 ALFRED http://alfred.med.yale.edu/alfred/index.asp 等位基因频率和DNA多态性 雄激素受体基因的突变(ARGMD)  哮喘基因数据库(AGD) http://www.mcgill.ca/androgendb/ 雄激素受体基因的突变 哮喘和变态反应数据库 http://cooke.gsf.de/asthmagen/main.cfm 哮喘和变态反应中的连锁和突变研究 肿瘤学和血液学中的遗传学和细胞传学信息库 http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/ 癌症中染色体异常 BTKbase http://www.uta.fi/laitokset/imt/bioinfo/BTKbase/ X-连锁血丙种球蛋白缺乏中的突变 CASRDB http://www.casrdb.mcgill.ca/ 引起FHH，NSHPT和ADH的CASR突变 GRAP突变数据库 http://tinygrap.uit.no/GRAP/ G蛋白偶联受体的突变(GRAP) HGBASE http://hgbase.interactiva.de/ 基因内部序列多态性 HIV-RT http://hivdb.stanford.edu/hiv/ HIV反转录酶和蛋白酶序列变异 嗜血菌B突变数据库 http://www.kcl.ac.uk/ip/petergreen/haemBdatabase.html Factor IX基因中的点突变、短插入和短缺失 人类基因突变数据库 (HGMD) http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html 已知发表的人类遗传性疾病的基因损伤 人类PAX2等位基因变异数据库 http://pax2.hgu.mrc.ac.uk/ 人类PAX2基因突变 人类PAX6等位基因变异数据库 http://pax6.hgu.mrc.ac.uk/ 人类PAX6基因突变 人类I型和III型胶原基因突变数据库 http://www.le.ac.uk/genetics/collagen/ 人类I型和Ⅲ型胶原基因突变 HvrBase http://www.hvrbase.org/ 灵长类线粒体DNA控制区域序列 KMDB http://www.knowledge.standards.com.au/KMDB/  人类眼睛疾病基因的突变 KinMutBase http://www.uta.fi/imt/bioinfo/KinMutBase/ 致病的蛋白激酶突变 Mutation Spectra Database http://info.med.yale.edu/mutbase/ 病毒、细菌、酵母和哺乳类基因的突变 NCL Mutations http://www.ucl.ac.uk/ncl/ 神经元蜡样质脂褐质沉积症基因突变和多态性 在线式人类孟德尔遗传数据库(OMIM) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/ 人类遗传学和基因组紊乱目录 PAHdb http://www.pahdb.mcgill.ca/ 苯丙氨酸羟化酶基因突变 PHEXdb http://data.mch.mcgill.ca/phexdb 导致X-连锁低磷酸血症的PHEX基因突变 PMD http://www.phexdb.mcgill.ca 蛋白质突变数据集 PTCH1突变数据库 http://www.cybergene.se/PTCH/ptchbase.html PTCHl中的突变和SNP RB1基因突变数据库 http://www.d-lohmann.de/Rb/ 人类视网膜母细胞瘤基因(RB1)的突变 dbSNP http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ 单核苷酸多态性 iARC p53数据库 http://www.iarc.fr/p53/ 文献报告的人类p53基因错义突变和小片段缺失 p53数据库 http://metalab.unc.edu/dnam/mainpage.html 人类p53和hprt基因突变、啮齿类转基因lacI和lacZ突变 病理学 名称 地址 说明 小鼠肿瘤生物学数据库(MT http://tumor.informatics.jax.org/  小鼠肿瘤名称、分类、发病串、病理学、遗传因素 口腔癌基因数据库(OCGD) http://www.tumor-gene.org/Oral/oral.html  口腔癌相关基因的细胞、分子和生物学数据 PEDB http://chroma_mbt.washington.edu/PEDB/ 前列腺组织和细胞类型特异的cDNA文库的序列 肿瘤基因家族数据库(TGDBs) http://www.tumor-gene.org/tgdf.html 多种癌症相关基因的细胞、分子和生物学数据 蛋白质数据库 名称 地址 说明 AARSDB http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html 氨酰tRNA合成酶序列 DatA http://luggagefast.stanford.edu/group/arabprotein/ 拟南芥中注释了的编码序列 ESTHER http://www.ensam.inra.fr/cholinesterase/ 酯酶和α/β水解酶及相关分子 内源性GPCR列表 http://www.biomedcomp.com/GPCR.html 细胞系中表达的G蛋白偶联受体 GPCRDB http://www.gpcr.org/7tm/ G蛋白偶联受体 HIV分子免疫学数据库 http://hiv-web.lanl.gov/immunology/ HIV的抗原决定簇 HUGE http://www.kazusa.or.jp/huge/ 较大的(50kDa)人类蛋白质和cDNA序列 组蛋白数据库 http://genome.nhgri.nih.gov/histones/ 组蛋白、组蛋白折叠序列和结构 IMGT http://imgt.cines.fr:8104/ 人类和其他脊椎动物的免疫球蛋白、T细胞受体和MHC序列 IMGT/HLA http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/ 人类主要组织相容性复合体 InBase http://www.neb.com/neb/inteins.html 插入蛋白质序列和基序(motif) LGICdb http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html 配体门控离子通道亚基序列 MHCPEP http://wehih.wehi.edu.au/mhcpep/ MHC结合肽 MetaFam http://metafam.ahc.umn.edu/ 集成的蛋白质家族信息 核受体资源 http://nrr.georgetown.edu/nrr/nrr.html 核受体超家族 PKR http://pkr.sdsc.edu/ 蛋白激酶序列、酶学、遗传学、分子和结构特性 PPMdb http://sphinx.rug.ac.be:8080/ppmdb/index.html 拟南芥质膜蛋白序列和表达数据 Peptaibol http://www.cryst.bbk.ac.uk/peptaibol/welcome.html 抗生素肽序列 PhosphoBase http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/ 蛋白质磷酸化位点 PlantsP http://plantsp.sdsc.edu/ 植物蛋白激酶和蛋白磷酸化 Prolysis http://delphi.phys.univ-tours.fr/Prolysis/ 蛋白酶、天然和合成的蛋白酶抑制剂 蛋白质信息资源(PIR) http://pir.georgetown.edu/ 综合的、注释的、非冗余的蛋白质序列数据库 核糖核酸酶P数据库 http://www.mbio.ncsu.edu/RNaseP/home.html RNaseP序列、对齐和结构 SWISS-PROT/TrEMBL http://www.expasy.ch/sprot 蛋白质序列 TIGRFAMs http://www.tigr.org/TIGRFAMs 功能明确蛋白质家族的资源 TRANSFAC http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/index.html 转录因子和结合位点 OoTFD http://www.ifti.org/ 转录因子和基因表达 TrEST、trGEN和Hits http://hits.isb-sib.ch/ 预测的蛋白质序列 蛋白质序列Motif 名称 地址 说明 BLOCKS http://blocks.fhcrc.org/ 蛋白质家族的序列保守区域 CluSTr http://www.ebi.ac.uk/clustr/ 将SWISS-PROT+TrEMBL蛋白自动归类 InterPro http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 蛋白质家族、结构域和位点的集成信息资源 PIR-ALN http://www-nbrf.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/piraln.html 蛋白质序列联配 PRINTS http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/ 分层的基因家族指纹 PROSITE http://www.expasy.ch/prosite/ 具有生物学意义的蛋白模式和轮廓 ProtoMap http://protomap.cornell.edu/ 对SWISS-PROT蛋白质进行自动分类 SBASE http://hydra.icgeb.trieste.it/~kristian/SBASE/ 注释了的蛋白质结构域序列 SMART http://smart.embl-heidelberg.de/ 结构域序列 SYSTERS http://systers.molgen.mpg.de/ 基于多种资源对蛋白质序列进行分类 Emotif http://motif.stanford.edu/emotif 蛋白质序列模体查询 Iproclass http://pir.georgetown.edu/iproclass/ 注释了的蛋白质分类数据库 蛋白质组资源 名称 地址 说明 Aaindex http://www.genome.ad.jp/dbget/ 肽的物理化学属性 Proteome Analysis Database http://www.ebi.ac.uk/proteome/ 应用interpro和clustr在线式进行全基因组中蛋白质的功能分类 SWISS-2DPAGE http://www.expasy.ch/ch2d/ 注释了的2D-PAGE数据库 酿酒酵母蛋白质数据库(YPD) http://www.proteome.com/databases/index.html 酿酒酵母蛋白质组数据库 RNA序列 名称 地址 说明 ARED http://rc.kfshrc.edu.sa/ 富含AU元件的mRNAs Collection of mRNA-like Noncoding RNAs http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/ 非编码蛋白的RNA转录 欧洲人小亚基核糖体RNA数据库 http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html 利用二级结构信息对核糖体RNA小亚基序列进行联配 HyPaLib http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/HyPa/ RNA分类的结构元件特征 Intronerator http://www.cse.ucsc.edu/~kent/intronerator/ C．elegans的RNA剪接和基因结构；C．briggsae和C．elegans基因组联配 RNA中非标准作用 http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/ 已知RNA结构中非标准的碱基－碱基相互作用 RISSC http://ulises.umh.es/RISSC 核糖体16S-23S RNA基因间隔区域 RNA修饰数据库 http://medlib.med.utah.edu/RNAmods/ RNA中天然修饰的核苷 核糖体数据库项目(RDP) http://rdp.cme.msu.edu/ rRNA序列，联配和系统发生 SRPDB http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html 信号识别颗粒RNA、蛋白质和受体信息 小RNA数据库 http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA 原核生物和真核生物小RNA序列的直接测序数据 TmRNA网站 http://www.indiana.edu/~tmrna TmRNA序列、折叠和联配 tRNA序列 http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/ tRNA和tRNA的基因序列 tmRDB http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html tmRNA(10SaRNA)序列 结构 名称 地址 说明 ASTRAL http://astral.stanford.edu/ 已知结构、选择亚群和序列——相关的结构域序列 BioMagResBank http://www.bmrb.wisc.edu/ 蛋白质、肽和核酸的核磁共振数据 CE http://cl.sdsc.edu/ce.html 计算和观察3维结构对齐 CKAAPsDB http://ckaaps.sdsc.edu/perl/browser.pl 序列不同而结构相似的蛋白质 CSD http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/csd/csd.html 有机物和金属有机物复合体的晶体结构信息 大分子运动数据库 http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/ 蛋白质和大分子运动的描述 HIC-Up http://alpha2.bmc.uu.se/hicup/ 小分子(异源复合物)的结构 HSSP http://www.sander.ebi.ac.uk/hssp/ 结构家族和对齐，结构保守区域和结构域骨架 IMB Jena生物大分子图象库 http://www.imb-jena.de/IMAGE.html 生物多聚物结构的三维观察和分析 ISSD http://www.protein.bio.msu.su/issd/ 集成的序列和结构信息 LPFC http://www-smi.stanford.edu/projects/helix/LPFC/ 蛋白质家族和新结构数据库 MMDB http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ 所有经实验确定了的三维结构 NTDB http://ntdb.chem.cuhk.edu.hk/ 核酸的热力学数据 PDB http://www.rcsb.org/pdb/ 通过X射线晶体衍射和NMR测定的结构数据 PDBsum http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum PDB结构的总结和分析 ProTherm http://www.rtc.riken.go.jp/jouhou/protherm/protherm.html 野生型和突变蛋白质的热力学数据 RESID http://www-nbrf.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/resid.html 蛋白质结构修饰 Sloop http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/~sloop/ 蛋白质loop区域分类 转基因 名称 地址 说明 Cre转基因数据库 http://www.mshri.on.ca/nagy/cre.htm 转基因小鼠系 转基因动物和打靶突变数据库 http://tbase.jax.org/ 转基因动物和打靶突变的信息 其他生物医学资源 名称 地址 说明 Dbcat http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/ 数据库分类 LocusLink/RefSeq http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/ 遗传基因座的序列和描述信息 MPDB http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html 被证明有用的合成的寡核苷酸如引物或探针的信息 分子探针数据库 http://srs.ebi.ac.uk/ 合成的寡核苷酸、探针和PCR引物的信息 NCBI分类浏览器 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html 至少含有一条核苷酸或蛋白质序列的遗传数据库中所涉及到的物种名称列表 PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ MEDLINE和Pre-MEDLINE文献引用数据库           基因家族数据库 plant gene family    http://greenphyl.cirad.fr/cgi-bin/greenphyl.cgi