@生信数据格式
1.FASTQ格式
原始下机数据的存储格式，一共四行，第一行是@开头的序列标识符和描述信息，第二行是原始序列信息，第三行是以 + 开始，后面可再接与第一部分的相同的序列标识符或者描述信息，第四行是ASCII码字符表示的第二行的序列信息的测序质量。
2.FASTA格式
生物信息最基本的文本格式，用来展示碱基序列或者氨基酸序列
第一行通常以";" 或者 ">"开头，用来分割不同的序列，后接一些信息。第二行是碱基或氨基酸序列。
FASTQ格式转FASTA格式（zcat .fq.gz| paste - - - -|cut -f 1-2|tr '\t' '\n'|tr '@' '>' |less -S> .fasta）
生信数据格式学习笔记（一）
最新推荐文章于 2024-03-17 20:29:08 发布
本文介绍了生物信息学中两种重要的数据格式——FASTQ和FASTA。FASTQ用于存储高通量测序的原始序列及质量信息，包含四行，而FASTA仅包含序列标识符和序列本身。了解这两种格式的结构对于生物信息分析至关重要。此外，文中还提供了将FASTQ格式转换为FASTA格式的命令行操作。
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