DrugGUI: 用于预测药物结合口袋以及评估蛋白可成药性的模拟工具

DruGUI 是一个 VMD 插件，设计用于包含**有机小分子（探针）**的模拟，以进行成药性评估。 在模拟中，分子探针及蛋白分子均被施加CHARMM力场。在DrugGUI构建的模拟体系中，添加具有多样化的物理化学性质的探针分子，这些探针的作用是为了模拟和识别蛋白质上的潜在药物结合位点。文章中使用了以下类型的探针分子：

• 异丁烷（Isobutane）：这是一种小的、非极性的烷烃分子，通常用于模拟疏水性环境。

• 异丙胺（Isopropylamine, IPAM）：这是一种带有氨基的极性分子，能够在生理pH值下带正电荷，用于模拟带电的蛋白质结合位点。

• 乙酸（Acetic acid）：这是一种有机酸，具有极性，能够模拟带负电荷的蛋白质结合位点。

• 乙酰胺（Acetamide）：这是一种极性分子，代表极性分子，用于模拟极性结合位点。

• 异丙醇（Isopropanol）：这是一种有机溶剂，常用于模拟蛋白质结合位点的溶剂环境。

通过模拟这些探针分子与蛋白质的相互作用，能够帮助我们识别出蛋白质上的潜在药物结合位点，并估计这些位点的亲和力。探针分子的多样性使得该方法能够适应不同类型和性质的蛋白质结合位点，从而提高了药物性评估的准确性和适用性。

安装方法

后台回复 “240218” 获取安装包。

1.安装DrugGUI插件

cp -r drugui /usr/local/lib/vmd/plugins/noarch/tcl
#/usr/local/lib/vmd替换为你的vmd安装路径,如果你的vmd和我一样是默认安装的话，则可以照抄路径

接下来将下行内容插入到文件/usr/local/lib/vmd/scripts/vmd/loadplugins.tcl第185行后，插入后的内容应是第186行。

vmd_install_extension drugui drugui_tk "Modeling/DruGUI"

2. 搭建模拟体系

重启vmd,找到刚才安装的插件：

选择蛋白（只有蛋白）的pdb文件以及对应的拓扑文件（psf后缀），此外可配置各种探针的所占百分比，模拟体系大小，模拟时间等参数：

设置输出前缀，这里我设置为“out”,点击Prepare System进行体系搭建。输出结果在安装包example/system路径下。此外，在该路径下还包含了下一步执行模拟用的脚本out.sh。用文本编辑器打开，更改NAMD模拟软件路径后才可以正常运转。

3. 结果分析

模拟执行后得到的所有hotspot都在example/system/sample_all_hotspots.pdb文件中。各hotspot中探针计算占比在example/system/sample.log中，亲和力预测值也在其中。

总而言之，DrugGUI一种基于物理的原子模拟方法，用于评估蛋白质靶点的药物性，并识别潜在的药物结合位点。这种方法不依赖于任何训练集，而是直接基于物理原理和分子动力学模拟来预测药物与蛋白质的相互作用。