Ambertools计算蛋白质电荷

1. Ambertools简介

AmberTools是一个用于分子模拟和计算化学研究的软件套件，特别是在生物分子和生物大分子的计算中广泛使用。AmberTools是由Theoretical and Computational Biophysics Group（理论和计算生物物理学小组）开发的，它是与Amber分子模拟软件套件（Assisted Model Building with Energy Refinement，AMBER）相关的一部分。Amber是一个用于模拟分子动力学、分子对接、能量最小化和分子建模的先进工具，而AmberTools则提供了与Amber一起使用的附加功能和工具。

2. Ambertools的下载、安装

因为有需要计算蛋白的电荷，所以想起来分子模拟中的Ambertools正好可以计算，Ambertools的下载
可参考这里。Ambertools支持了 Linux 和 MacOS系统。Ambertools的安装可以借助于conda(python 3.7)

  conda create --name AmberTools20
  conda activate AmberTools20
  conda install -c conda-forge ambertools=20

注：该方法只适用于Linux 和 MacOS。

3. Ambertools中tleap计算电荷

以下是tleap命令行中计算电荷

1. 首先loadpdb导入文件;
2. 最后charge命令计算。

>protein=loadpdb ./example.pdb
Laoding PDB file: ./example.pdb
	Added missing heavy atom: .R<CPRO 195>.A<OXT 15>
	total atoms in file: 3006
	Leap added 1 missing atom according to residue template:
		1 Heavy
>charge protein
Total unpertured charge: 2.000000
Total pertured charge: 2.000000