MedSAM-Lite 3D Slicer插件

MedSAM-Lite 3D Slicer插件
这是MedSAM的官方3D Slicer插件存储库：医学图像中的任意分割。

安装
您可以在此处观看安装步骤的视频教程。

从其官方网站安装3D Slicer。我们的插件与3D Slicer >= 5.4.0经过了兼容性测试。
从发布页面下载插件的特定版本，并提取到您选择的位置。
在Slicer应用程序中，选择工具栏顶部的“欢迎来到Slicer”下拉菜单，导航到Developer Tools > Extension Wizard。
单击选择扩展，并在第2步提取的文件和目录中找到MedSAM文件夹。如果要求添加新模块，请接受。
现在，在“欢迎来到Slicer”下拉菜单中，在分割子菜单下，添加了MedSAMLite选项。通过选择它，您将进入最后的步骤。
选择一个文件夹来安装模块依赖项，并单击“安装依赖项”按钮。这可能需要几分钟。
重新启动3D Slicer。
升级
如果您安装了版本<= v0.02：从步骤＃2和步骤＃6中删除所有预先存在的文件，并按照之前的说明安装新版本。

如果您安装了版本> v0.02：使用模块界面顶部的“升级模块”按钮检查并安装新的更新。

用法
您可以在此处观看用法的视频指南。

从“欢迎来到Slicer”下拉菜单中，在分割子菜单下，添加了MedSAMLite选项。通过选择它，您将进入最后的步骤。
加载您的图像文件。
从Prepare Data手风琴菜单中，您可以从预设的预处理方法中进行选择（可选，但非常有帮助）。
从选择感兴趣区域手风琴菜单中，您可以单击Attach ROI选择分割区域。
从Start Segmentation手风琴菜单中，单击Send Image按钮。它将整个3D图像发送到模块的后端进行处理。这将需要几分钟。您只需要为每个图像执行此步骤一次。只要图像未更改（新的预处理/裁剪/等），您就无需重新执行此步骤。注意：对于Windows用户，在此步骤中，防火墙可能会停止后端并要求权限。授予权限。在某些情况下，您可能需要重新启动计算机以更新权限。
单击Segmentation按钮以获取分割结果。您可以替换ROI或多次删除和重新附加它（步骤4），并重复步骤6，而无需再次执行步骤5。
在相同的部分中，您可以从分割和源体积下拉菜单中选择正确的分割组，并手动优化分割结果。您还可以为每个分割掩膜分配不同的颜色。