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GATK4中的interval列表定义了基因组的子集，用于限制工具操作的区域。支持Picard-style、GATK-style、BED文件和VCF文件格式。interval列表常用于快速测试、并行分析、排除问题区域以及特定算法需求。主要参数如`-L`用于指定包含的区间，`--interval-exclusion`用于排除。不同格式的interval列表需要按坐标排序，且与sequence dictionary顺序一致。
以gatk Mutect2为例
--intervals,-L <String> One or more genomic intervals over which to operate This argument may be specified 0 or more times. Default value: null.
-L exome_autoXYM.intervals
intervals到底是啥？是bed？是Picard.interval_list？是VCF files？
本文详细搞定这个问题。
Interval lists define subsets of genomic regions, sometimes even just individual positions in the genome. You can provide GATK tools with intervals or lists of intervals when you want to restrict them to operating on a subset of genomic regions. There are four main types of reasons for doing
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