Depmap分析、可视化CCLE数据

 CCLE数据库,全称“Cancer Cell Line Encyclopedia”,可以看做是【癌症细胞系的百科全书】CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia),是由Broad Institute 研究所牵头的一项肿瘤基因组学研究项目,涵盖了三十多种组织来源上千种细胞系基因表达情况、突变、拷贝数、甲基化等,是研究肿瘤的利器。

 

CCLE数据数据可视化和分析可通过DepMap portal实现。

Depmap癌症依赖图,系统地识别基因和药物依赖性以及预测它们的生物标记。

搜索某一基因  https://depmap.org/portal/gene/BRAF?tab=overview&characterization=expression

 

下载数据集  https://depmap.org/portal/download/

 

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Isolation Forest是一种异常检测算法,可用于识别数据集中的异常值。Sklearn是一个Python机器学习库,提供了Isolation Forest算法的实现。 Isolation Forest基于以下两个概念来检测异常值:孤立实例和孤立树。孤立实例是数据集中的少数异常点,而孤立树是通过随机选择和分割特征来建立的二叉树。算法通过计算数据实例在树中的深度来评估其异常程度。异常点被认为是通过较少的路径被孤立,而正常点通常需要更多的路径来被孤立。 使用sklearn库中的Isolation Forest算法,我们可以按照以下步骤来进行异常检测。 首先,导入必要的库和数据集。使用sklearn.ensemble模块中的IsolationForest类来创建模型。 ``` import numpy as np from sklearn.ensemble import IsolationForest # 创建模型 model = IsolationForest(n_estimators=100, contamination=0.05, random_state=42) ``` 然后,我们可以使用模型的fit()方法来训练 Isolation Forest模型。 ``` # 训练模型 model.fit(data) ``` 在训练完成后,我们可以使用predict()方法来预测数据中的异常值。预测结果是-1表示异常值,1表示正常值。 ``` # 预测异常值 predictions = model.predict(data) ``` 最后,我们可以根据预测结果来标记和分析数据中的异常值。 需要注意的是,在使用Isolation Forest算法时,需要调整一些重要参数。例如,n_estimators参数表示建立孤立树的数量,contamination参数表示数据集中异常值的比例,我们可能需要根据实际情况进行调整。 总的来说,通过使用sklearn中的Isolation Forest算法,我们可以简单方便地进行异常检测,对于发现数据集中的异常值具有较好的效果。

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