Depmap分析、可视化CCLE数据

最新推荐文章于 2024-11-27 15:44:30 发布
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文章标签： 生物信息学
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 CCLE数据库，全称“Cancer Cell Line Encyclopedia”，可以看做是【癌症细胞系的百科全书】CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）,是由Broad Institute 研究所牵头的一项肿瘤基因组学研究项目，涵盖了三十多种组织来源上千种细胞系基因表达情况、突变、拷贝数、甲基化等，是研究肿瘤的利器。

 

CCLE数据数据可视化和分析可通过DepMap portal实现。

Depmap癌症依赖图，系统地识别基因和药物依赖性以及预测它们的生物标记。

搜索某一基因  https://depmap.org/portal/gene/BRAF?tab=overview&characterization=expression

 

下载数据集  https://depmap.org/portal/download/

 

qq_27390023
关注
单基因分析 —— 在线数据库使用
dxs18459111694的博客
06-02 3879
对于单个基因，我们可以分析些什么呢？是癌与正常的差异表达，还是高低表达的生存差异，亦或是与某些特征基因之间的表达相关性呢？不只，我们能做的不仅仅只有这些。下面我们将通过一系列的文章来详细的介绍一下单个基因可以做哪些分析。首先要选择一个兴趣基因，选用哪个基因呢？选一个研究比较多，非常著名的癌症相关基因TP53，这个基因涉及的数据比较多，分析起来比较方便。首先来介绍点简单的，使用数据库检索单基因的信息。
对CCLE数据库可以做的分析--转载
weixin_34406086的博客
12-06 4412
转载：http://www.bio-info-trainee.com/1327.html   收集了那么多的癌症细胞系的表达数据，拷贝数变异数据，突变数据，总不能放着让它发霉吧! 这些数据可以利用的地方非常多，但是在谷歌里面搜索引用了它的文章却不多，我挑了其中几个，解读了一下别人是如何利用这个数据的，当然，主要是用那个mRNA的表达数据咯！ 第一篇：http://journals.plos.org...
ccle数据库
qq_41003918的博客
06-28 639
ccle
基因在细胞系当中的表达数据库，CCLE使用简述
leroylee7的博客
01-29 1万+
相信大家都听说过CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）。简单来说，这个数据库做了很多细胞系当中基因表达、突变、拷贝数以及DNA甲基化的结果。利用这个数据库我们可以了解一个细胞系当中某一个基因的基本情况。那么这么丰富的数据要如何使用呢？下面我们简单介绍一下。 根据官网链接进入主页面，如下图所示：输入基因名或者细胞系名后检索即可。 这里我们以基因YTHDF1为例，输入后提交。 可以看到YTHDF1的相关信息简介及通往其他外部gene数据库的链接。 ...
基因在各个细胞系表达情况
hx2024的博客
03-24 852
从CCLE下载数据得到基因在每个细胞系中的。
shinyDepMap:基于光泽的Web工具，用于DepMap数据的交互式分析
05-22
ShinyDepMap 基于光泽的交互式Web工具，用于分析数据（基于其19q3版本）。 有几种使用方式： 用R运行 准备 要在R中本地启动此工具，请克隆或下载此存储库并按如下所示安装所需的R组件： install.packages( " devtools " ) install.packages( " BiocManager " ) BiocManager :: install(c( " ggplot2 " , " shiny " , " markdown " , " RColorBrewer " , " shinyWidgets " , " plotly " , " DT " , " igraph " , " visNetwork " , " tibble " , " shinyjs " , " dplyr " , " tidyr " , " yonder " )) 启动应用 在R
一款表达谱数据分析的神器--CCLE--转载
weixin_34417814的博客
12-06 2405
现在做生物和医学的，很多都可能会和各种组学数据打交道。其中表达谱数据总是最常用的，也是比较好测的。即使在工作中不去测序，也可以利用已有的数据库去做一些数据挖掘，找一找不同表型（比如癌症）对应的marker或者调控的通路。这里跟大家推荐一款分析表达谱数据的神器GENE-E，亲测比较好用，满足常用需求，可以做各种热图，聚类，箱图，相似分析和标记筛选等等，而且非常小巧。       进入软件之后，界面如...
初步分析CCLE和GDSC的数据——RNA表达矩阵
imnoqiao的专栏
06-27 6284
CCLE是Cancer Cell Line Encyclopedia的简称， 是与肿瘤有关的细胞系的百科全书项目。 GDSC是Genomics of Drug Sensitivity in Cancer的简称，其中也有细胞系的药物敏感性数据。 下载细胞系的相关信息文件 wgetftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/project/cancerrxgene/releas...
CCLE 数据库
最新发布
pumc_2023的博客
11-27 1827
输入目的细胞名称，待跳出如下页面后，一直下拉页面到如下图所示，看到Mutation词条，此时显示的就是该细胞中有突变的基因list，同样Fusion的词条是融合的基因list，Translocation的词条则是一些易位的基因list（友情提醒：这些都是可以下载的信息哦~）选择Mutations模块下面的View details in the Characterization tab按钮，左下角可以下载细胞List在Excel中进行筛选。
linux下载ccle数据,TCGA数据库下载，挖掘，Xena Browser可视化
weixin_26821003的博客
05-12 1007
1.数据库简介：癌症和肿瘤基因图谱 (The Cancer Genome Atlas, TCGA)于2006年启动，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症的基因组变异图谱绘制出来，并进行系统分析，旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小变异，了解癌细胞发生、发展的机制，在此基础上取得新的诊断和治疗方法，最后可以勾画出整个新型“预防癌症的策略”。作为目前最大的癌症基因信息数...
ccleWrap:用于将 CCLE 数据导入 Bioconductor 的包装器
05-29
Bioconductor 是一个用于生物医学数据分析的强大平台，它提供了大量的 R 包，用于处理、分析和可视化基因表达数据和其他高通量生物数据。 首先，我们来深入了解一下 CCLE 数据。CCLE 是一个大型的公开数据库，包含...
chip_seq数据分析专题
庐州月光的博客
12-02 3112
欢迎关注”生信修炼手册”!chip-seq技术依托于高通量测序技术和生信分析的发展，可以在全基因组范围内分析DNA与蛋白质的相互作用，目前常用于研究转录因子，各种组蛋白修饰在基因组上的结...
ccleWrap:轻松导入CCLE数据至Bioconductor平台
它提供了一套工具包（packages），这些工具包是R社区中的生物学家和计算生物学家开发的，用以进行基因组学数据的分析、可视化和理解。Bioconductor有一个严格的开发周期，以确保所有的包都符合高标准的代码和文档...
CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）数据库使用
Eric_blog的博客
07-26 1万+
数据库简介 CCLE数据库几个知识点 CCLE中细胞系表达谱的GEO数据库GSE36133 CCLE数据库数据下载链接
利用ccle数据库构造分类器区分耐药与不耐药样本
tu__zi的博客
05-18 2788
利用ccle数据库获取样本耐药信息，并使用weka进行构造分类器区分耐药与不耐药的样本。
数据库
weixin_30468137的博客
12-06 342
TCGA数据库 CBIOPORTAL:http://www.cbioportal.org/ GEPIA OncoLnc kmplot:The Kaplan Meier plotter is capable to assess the effect of54,675 geneson survival using10,461 cancer samples. These include5...
分享一个CCLE细胞系数据(CCLE数据库不能用了吗？)
热门推荐
weixin_46500027的博客
03-24 1万+
癌细胞系百科全书项目 - Broad 研究所与诺华生物医学研究所之间的合作 2006 年，Sellers (Novartis)、Garraway (Broad Institute) 和 Schlegel (Novartis) 为约 1000 个癌细胞系的大规模基因表征制定了初步项目计划。该项目随后两次更新，因此我们将这些视为 CCLE 项目的三个阶段。 其网址如下：Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) 来看看界面，CCLE数据库似乎改版了： 点击dataset
CCLE简介
jiangshandaiyou的博客
03-01 696
CCLE简介
Portal是什么
ceun的专栏
08-14 4006
在了解portlet之前有必要先了解portal。在Portlet规范里是这样讲的：“portal是一种web应用，通常用来提供个性化、单次登录、聚集各个信息源的内容，并作为信息系统表现层的宿主。聚集是指将来自各个信息源的内容集成到一个web页面里的活动”。　　Portal的功能可以分为三个主要方面：1.        Portlet容器：Portlet容器与servlet容器非常类似，所有的
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