CCLE简介

最新推荐文章于 2024-11-27 15:44:30 发布

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分类专栏： bioinfo 肿瘤与免疫文章标签：数据库

原文链接：https://sites.broadinstitute.org/ccle/

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2006年，诺华和Broad研究所启动了大规模的肿瘤细胞系基因组刻画项目，即CCLE项目，分三个阶段进行。第一阶段涉及芯片测序和药物敏感性测试；第二阶段引入RNA-seq和WES，研究mRNA、miRNA和基因变异；第三阶段通过质谱分析蛋白质表达和磷酸化水平。所有数据现托管于DepMap门户，用于癌症研究和药物发现。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

在这里插入图片描述

In 2006 Sellers (Novartis), Garraway (Broad Institute) and Schlegel (Novartis) crafted the initial project plan for large-scale genetic characterization of ~1000 cancer cell lines. This project was subsequently renewed on two occasions and hence we think of these as the three phases of the CCLE project.
06年诺华和Broad Institute 开展合作，进行约1000种肿瘤细胞系的基因组研究。
后续又有新的团体或者机构进行相关补充研究。
整个project大概分为三个阶段，three phases of the CCLE project。不同阶段的细胞系和研究侧重点以及研究手段各有不同。大致情况如下。
第一个阶段。

为了让基因组数据尽可能地和原始的细胞系种子库接近，team of project 从 ATCC，DSMZ,KCLB等细胞种子库获取相应的细胞系。
然后扩大培养，抽取DNA和RNA，进行芯片测序，DNA and RNA was extracted and used to generate Affymetrix SNP 6.0 data, Affymetrix U133 2.0+ expression array data。然后大约500种肿瘤细胞系进行了药物治疗实验。
主要是为了实现：1.对肿瘤细胞系进行基因组和药理学特性进行描绘 2.探究细胞系、基因表达量、基因组形状与药理学特性之间的关系 3.希望细胞系的基因组特征和表达谱整合后可以i转化为癌症病人的分类
第二个阶段。

此时加入了新的合作伙伴，并且使用RNA-seq 、WES对mRNA expression 、miRNA、genetic alterations等进行研究。
然后还进行了225种代谢物的丰度测定。

此时利用了哪些细胞系以及数据类型和数据量多大呢？1072 cell lines
一期和二期同一种细胞系之间的差异大不大呢？未知，默认一样？
第三个阶段。

开始利用质谱研究细胞系种蛋白的表达量以及修饰，包括了 375种细胞系的蛋白表达量处测定还有磷酸化的水平，以及药物处理后磷酸化的扰动。
目前这些数据托管到了depmap portal (地址：https://depmap.org/portal/)，这个数据库还有其他的一些数据。