bedtools intersect 考虑不同链的重叠

bedtools intersect 命令默认情况下是同时考虑同链和异链重叠的，如果你只想考虑异链重叠，可以使用 -s 参数指定只考虑同链的重叠。-S 参数表示只考虑异链重叠，即 + 链与 - 链之间的重叠。

注： bedtools intersect 命令返回的 BED 文件中的每个区域的 end 坐标是不包含在区域内的。这意味着，对于返回的每个区域，其结束坐标是开区间，即该坐标点不属于该区域。

# Report the entire, original alignment and gene entries for each overlap.
bedtools intersect -a file1.bed -b file2.bed -S -wa -wb

bedtools intersect -a file1.bed -b file2.bed -S

bedtools intersect -a file1.bed -b file2.bed -s


bedtools intersect -a file1.bed -b file2.bed -s -wa

示例演示intersect结果

参考：Example usage — bedtools 2.31.0 documentation