ProteinMPNN模型设计蛋白质序列的步骤和优势

一. ProteinMPNN模型设计步骤

假设要用ProteinMPNN模型从头设计环状四聚体蛋白质，具体步骤如下：

1. 选择起点：已知的环状四聚体结构和序列

• 获取模板：找到一个已知的、能够形成环状四聚体的蛋白质。此蛋白质的序列和结构可以来自数据库（如PDB），或者通过同源建模、AlphaFold等方法预测。
• 结构分析：了解该结构中各亚基的相互作用和对称性。环状四聚体通常具有特定的对称性（例如C4对称），ProteinMPNN设计时需要利用这种对称性。

2. 准备ProteinMPNN的输入参数

• 生成主链特征：加载环状四聚体的主链结构，确保每个亚基的主链原子坐标是完整的。这一步可以通过对称性分析，确保主链和空间排布能够正确传达出环状四聚体的结构特性。

• 定义tied_featurize参数：

  • tied_positions_dict：由于环状四聚体具有对称性，可以将对称的位点绑在一起，使这些位置的序列相同或具有相关性。这样做可以确保生成的序列支持环状结构的形成。
  • fixed_position_dict：如果希望在四聚体中某些位点保持特定氨基酸（例如某些关键残基保持不变以稳定结构），可以在该字典中指定。可以参考已知的序列，固定功能性位点或相互作用界面位点。
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