Freesurfer学习笔记——Practice Working with Data

Finding the correct input for the FreeSurfer pipeline

 

cd TUTORIAL_DATA/practice_with_data/dicoms                                                  // 进入到dicoms数据文件夹中

dcmunpack -help                                                                                                   // 查看全部dcmunpack命令

dcmunpack -src . -scanonly scan.log                                                                   

// 生成一个名为scan.log的文件； -src .表示数据来源的目录；. 表示当前所在的目录（或者可以指定dicom目录的完整路径）；

  -scanonly scan.log表示仅扫描目录并创建带有扫描列表的文本文件；按Ctrl+c 终止。

more scan.log                                                                                                       // 查看scan.log文件内容

结果：

13 T1w_MPR_vNav_4eRMS 1.69 2530 7 unknown ROW 650 ./I50  
18 rfMRI_REST_AP 37 800 52 unknown COL 2290 ./I773

其他的数据集（示例）：

// vNav 表示导航器用于运动校正，4e表示收集了4个回波echoes；尽管T1w_MPR_vNav_4e被列出了6次，但这并不意味着收集了其中的6次扫描。 注意在第一个实例T1w_MPR_vNav_4e之后出现表示错误的“ err”以及错误的尺寸。对于某些扫描，该系列中有4张图像（由数字256 256 176后面的4来表示），对于某些扫描，该系列中只有1张图像。 此处的区别在于，具有4个图像的dicom系列将提供未组合的4个回波（作为单独的图像文件），而另一个通过取回波的RMS（均方根）或“平均值”来组合回波。

// 如果不知道哪个是T1-weight图像，通常会用尺寸为256 x 256 x 176的MPRAGE, MEMPRAGE, or SPGR ；

// 这里，我们计划将RMS用作FreeSurfer的输入，因此，我们将使用此T1加权dicom系列：   

   13 T1w_MPR_vNav_4eRMS 1.69 2530 7 unknown ROW 650 ./I50   

 

echo $SUBJECTS_DIR         // 查看当前SUBJECTS_DIR 的路径

export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

export TUTORIAL_DATA=/Applications/freesurfer/tutorial_data

export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/practice_with_data  

// 把SUBJECTS_DIR（工作空间）设置在practice_with_data目录下，如果你使用的是tcsh shell而不是bash，则应使用setenv而不是export。

recon-all \
  -all \
  -i  <one slice in the anatomical dicom series> \
  -s  <subject id that you make up> \

recon-all -all -i I50 -s practice_subject

// -all 将运行FreeSurfer处理流中的所有步骤。 

// -i 代表输入。 在这里，您可以在T1加权扫描系列中指定一个dicom文件/切片（FreeSurfer会自动在DICOM系列/切片中查找其余文件）。 如果文件不在当前目录中，请确保指定该文件的完整路径。您还可以指定nifti文件作为输入。 如果对于给定的对象有多个T1加权扫描，则对每一个扫描使用附加的-i标志。

例如：recon-all -all -i 101309_3T_T1w_MPR1.nii -s 101309_3T_T1w_MPR1

// -s 指定您要使用的对象的名称或ID。 将为该对象的所有FreeSurfer输出创建具有该名称的目录（命名输出目录）。

// 该命令将在dicoms目录上方的目录中创建一个名为practice_subject的新目录。 您可以cd到该目录以查看到目前为止已创建的内容，但是如果recon-all仍在运行，则必须打开一个新的终端窗口来执行此操作。

// 当打印到屏幕上的最后一行（以及在该对象的脚本目录中的recon-all.log中）显示“ recon-all exited without errors”时，该过程完成。

 

批量处理

假设您有数百个对象的DICOM文件，并且想使用FreeSurfer处理它们。 您只需提交几个命令就可以提交所有内容。 有关示例脚本，请查看此处。 

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Exercise 1

用dicom_challenge中的数据生成surfers，输出在dicom_challenge/practice_subject目录下。

cd $TUTORIAL_DATA/dicom_challenge \

cd dicoms \

dcmunpack -src . -scanonly scan.log

export SUBJECTS_DIR = $TUTORIAL_DATA/dicom_challenge

recon-all -all -i I50 -s practice_subject