持续同调介绍

       持续同调（Persistent Homology）是一种拓扑数据分析技术，主要用于从数据中提取多尺度的形状特征。

1、基本概念

1. 单纯复形：单纯复形是持续同调的基础，它由顶点、边、三角形等基本单纯形组成的组合结构。在持续同调中，单纯复形用于表示点云数据的连接关系。
2. 滤波：滤波是一系列逐步嵌入的单纯复形，它随着某个尺度参数（如距离参数）的增加，单纯复形的规模逐渐增大，从而揭示出不同尺度下的拓扑特征。
3. 同调：同调是用于识别数据中的拓扑特征的一种代数工具，它可以识别出连通分支、环和空洞等拓扑特征。

2、持续同调的工作原理

1. 构建单纯复形：从点云数据生成单纯复形，例如Rips复形或Cech复形。这些复形能够表示点云数据之间的连接关系。
2. 生成滤波序列：根据尺度参数（如距离参数）逐步增加单纯复形的规模，从而生成一系列逐步嵌入的单纯复形。这个过程中，随着距离参数的增大，会出现拓扑特征的生成以及消亡。
3. 计算同调：在每个尺度下计算同调群，识别出该尺度下的拓扑特征。同调群能够反映出不同维度下的拓扑特征，如0维的连通分支、1维的环和2维的空洞等。
4. 生成持续图：通过计算每个拓扑特征的生成和消亡时间，可以生成持续图（如条形码图或持久性图）。这些图形能够直观地反映出拓扑特征的稳定性和重要性。在持续图中，持续时间较长的特征通常具有重要的现实意义，而持续时间较短的特征则被视为噪声。

3、代码示例

3.1 python中安装第三方库：

pip install ripser persim

3.2 示例代码

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from ripser import ripser
from persim import plot_diagrams
 
# 生成示例点云数据（环形数据）
n_points = 100
angles = np.linspace(0, 2 * np.pi, n_points)
points = np.c_[np.cos(angles), np.sin(angles)]
 
# 计算持续同调
diagrams = ripser(points)['dgms']
 
# 可视化持续图
plot_diagrams(diagrams, show=True)
 
# 生成条形图
def plot_barcodes(diagrams):
    fig, ax = plt.subplots()
    for dim, diagram in enumerate(diagrams):
        for point in diagram:
            ax.plot([point[0], point[1]], [dim, dim], 'b')
    ax.set_xlabel("Birth")
    ax.set_ylabel("Dimension")
    plt.show()
 
plot_barcodes(diagrams)

代码解释：

生成示例点云数据：创建一个环形数据集，表示一组均匀分布在单位圆上的点。
计算持续同调：使用 ripser 计算点云数据的持续同调。
可视化持续图：使用 persim.plot_diagrams 函数绘制持续图，展示拓扑特征的生成和消亡。
生成条形图：自定义 plot_barcodes 函数绘制条形图，显示各个拓扑特征的生存时间。

4、持续回调应用

1. 形状分析：识别和分析数据的几何和拓扑结构。
2. 数据降维：通过提取拓扑特征减少数据维度。
3. 模式识别：在图像处理和计算机视觉中识别模式和特征。
4. 机器学习：用拓扑特征增强特征工程，提高模型性能。

参考文献：

【1】Kong G, Fan H. PH-shape: an adaptive persistent homology-based approach for building outline extraction from ALS point cloud data[J]. Geo-spatial Information Science, 2024, 27(4): 1107-1117.