无 if else的shell脚本下载公共测序数据

shell脚本，不一定要写if else。可以通过运算符|| 与&& 管理命令， 我的理解是通过命令返回状态$? 来决定运行哪个/块命令。

我们最常见的例子是mkdir -p test && cd $_ 。

更加复杂的例子是运算符|| 和&& 配合{}或() 写。不要觉得没必要，这可能是你工作以后shell脚本常态。

今天以利用Aspera从ENA数据库下载测序数据为例进行简单举例。下面给个稍微简单点的一个示例命令。

背景

ascp  -vQT -l 500m -P33001 -k 1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR104/008/SRR1047168/SRR1047168_1.fastq.gz ./

参数-k 1 表示可接续下载。当下载完SRR21619728.fastq.gz 后，再次运行该命令时，会跳过该文件的运行，但是跳过该文件的之前会有一定的网络检测（观察后的结论）。Aspera 下载测序数据很依赖网络，有时下载一个文件可能会报错，在不同时间段运行时又可以下载。当我们把较多的下载命令均放入一个脚本时，尝试第二次运行脚本来下载第一次运行下载失败的文件时，每个成功下载的文件，都需要连接网络检测文件已下载。这样的联网对于较大的项目下载是很不利的，因此我们需要自己写个检测，来跳过已经下载好的文件，使得这个检测不再依赖网络。

运算符||与&&

该写法如下：

[[ -f ./SRR1047168_1.fastq.gz  ]] && echo "Skip: SRR1047168_1.fastq.gz" || ascp  -vQT -l 500m -P33001 -k 1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR104/008/SRR1047168/SRR1047168_1.fastq.gz ./  

这里并没有使用if else 写判断，而是通过运算符||和&&来控制命令的运行。

先检测测序文件是否存在，如果存在则打印“Skip: SRR21619728.fastq.gz” 来提示我们跳过该文件下载，如果不存在，则尝试下载该文件。

给个项目例子

以PRJNA63661 为例，这是我的一个客户要求下载的项目数据。大家可以感受下不写检测和写检测时的下载完成该项目的用时。

$ run_get_bioinfo_sample_v0.3.sh PRJNA63661
$ cat ./ena_info_sample_PRJNA63661/run_downloaded_fastq_using_aspera.sh |wc -l
10871

可以看到，一共10871个文件需要下载。run_downloaded_fastq_using_aspera.sh可在百度网盘自提。

链接：https://pan.baidu.com/s/1L1KxnDZkNaJ0q4slMCm1cg?pwd=yyds
提取码：yyds
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