R语言手动评估计算基因组N50，N90

最新推荐文章于 2024-02-19 12:57:04 发布

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分类专栏： R 群体遗传进化&GWAS 文章标签：基因组N50计算

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/132971744

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文章讲解了在R中通过自定义函数计算N50值的方法，涉及长度列表排序和累计长度查找。

摘要由CSDN通过智能技术生成

R语言手动计算N50

# 定义计算N50的函数
compute_N50 <- function(lengths) {
  total_length <- sum(lengths)
  half_total_length <- total_length * 0.5 （N50；N90则乘以0.9）
  
  sorted_lengths <- sort(lengths, decreasing = TRUE)
  cumulative_length <- cumsum(sorted_lengths)
  
  n50_index <- which(cumulative_length >= half_total_length)[1]
  n50_value <- sorted_lengths[n50_index]
  
  return(n50_value)
}

# 示例长度列表
lengths <- c(100, 200, 150, 75, 300, 250, 125)

## 计算N50
compute_N50(lengths)