通过bed文件获取基因序列（fasta）

最新推荐文章于 2024-12-31 21:09:28 发布
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分类专栏： bioinfo 文章标签： bed fasta bedtools getfasta 通过bed文件获取基因序列
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版权

文章目录

bedtools、getfasta

ref

bedtools getfasta doc

note

安装：

conda install bedtools

参考文件：

需要提前下载好fasta文件

最好有fai索引文件（bedtools也会自动生成）

语法：

bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF>

如：

bedtools getfasta -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> -fo out.fa
CHIP-seq流程学习笔记（12）-对特定gene使用bedtools getfasta后，用meme软件进行motif分析
垚垚爸的博客
01-13 4386
刚写题目时发现，现在的分析应该是RNA-seq与ChIP-seq杂合在一起的分析了，为了省事还接着在这个系列写吧。最近有站友发私信建议说把代码跑出来的结果放上，方便学习。这里说明一下：关于学习笔记我尽量把图片放上来，对于分析的记录，因为涉及到实验室的课题，为了避免不必要的麻烦就不放了，本意这个记录就是自己的试验记录，记录下代码过程，为以后学生发表文章参考。 1. 根据gene_list从hg19_genes.gtf文件中提取gene_TSS信息 也可以使用biomaRt包进行注释，中间出错尚未解决，有机会再
基因家族进化分析之DNA序列批量获取
白在宣的博客
03-07 2429
使用方法参考: 基于全基因组的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列获取 Gene序列要获得的ID号不仅仅是seqid，而且还需要在染色体上的位置信息——起始和终止位置，以及染色体编号。这里就需要用到其他两个数据文件了，就是基因组序列（dna）和基因组注释文件（gff3）。思路——首先根据已经获得的ID号从gff文件中获取染色体位置信息，然后再用bedtools工具根据得到的染色体位置信息来获取基因的序列，最终得到基因集。 代码如下。 #!/bin/bash c=
超详细BED文件教学：内容、生成、操作
最新发布
tRNA的博客
12-31 1933
详细解释BED文件的内容，用法
通过bed文件获取fasta序列
weixin_30687587的博客
07-18 1708
一、BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释的信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。 每行的数据格式要求一致。 必须包含的3列： 1.chrom, 染色体名字(e.g. chr3， chrY) 2.chromStart, 目标区段在染色体起始位置，染色体第一个碱基的位置是0 3.chro...
根据 基因名、bed 文件的基因位置，提取 DNA 序列 bedtools
dujidan的博客
03-19 4363
根据 基因名、bed 文件的基因位置，提取 DNA 序列 bedtools1、根据 Gene Symbol 查找在序列上的位置2、根据 基因位置 提取参考上的序列 1、根据 Gene Symbol 查找在序列上的位置 从UCSC下载匹配的 文件 链接: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables. 1）、主要注意版本的信息，按默认就行 2）、点击 get output，至下一页，就可以选择自己勾选自己想要的信息了 3）、下载后的文件，三列分别是 Transcripti
根据bed文件从fasta文件中获取基因序列
weixin_30457551的博客
11-20 1382
第一次写博客，分享一个做的提取基因序列的程序，根据bed文件里的位置信息从基因组里提取序列 源码地址：https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed文件通常用来保存注释基因信息，BED文件必须的3列: chrom - 染色体号 chromStart - feature在染色体上起始位置（其实...
Linux：bed文件制作，提取上下游150bp序列
caopei0111的博客
10-11 1002
bed文件，seqkit subseq，重命名
bedtools getfasta 使用
coolsen133的专栏
09-09 5021
bedtools getfasta ， 可以很方便的根据 bed 提取 序列
fasta基因文件统计脚本
04-15
用来统计目标文件中GC含量，并且输出所有基因序列编号
bam获取序列_如何从BAM文件中提取fastq
weixin_39722196的博客
12-20 2398
虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作，因为samtools其实已经提供了相应的工具samtools fastq.以biostar handbook的Ebola病毒数据为例，首先获取比对得到的BAM文件。# 建立文件夹mkdir -p refs# 根据Accession下载...
seqkit根据基因id_fasta/fq文件处理万能工具——Seqkit学习记录
weixin_33346418的博客
12-24 4561
shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具。之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在seqkit里直接能一行命令就解决。实在是提升效率，整合流程中十分好的工具。本文是对Seqkit官方介绍(https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/)的学习，参考学习的过程中可以对照着官方文档中的例子进行操作学习。熟练的运用关键还是需要多练习，搭建分...
写一个python脚本，利用sys、pysam，输入txt文件和snoRNA的bed位置文件，提取txt文件中第一列的snoRNA_name，按照bed文件的位置在人类基因组文件hg38.fa中，提取这些RNA的下游50bp序列，考虑正负链，输出到一个fasta文件里
05-30
好的，我会根据您的要求编写Python脚本。...其中，snoRNA.txt为包含snoRNA名称的文本文件，snoRNA.bed为包含snoRNA位置信息的bed文件，hg38.fa为人类基因组文件，snoRNA_seq.fasta为输出的fasta文件。
bedtools提取基因组Exon、Intron、Intergenetic、Promoter、Enhancer、CpG island、5’UTR、3’UTR、repeat基因坐标
m0_46336667的博客
12-15 7275
这些基因中，那些编码蛋白质的序列被称为外显子，而那些没被表达的序列则被称为内含子。5'-UTR：5'-UTR是5'-非翻译区（5' Untranslated Region）的缩写，是成熟mRNA位于编码区上游不被翻译为蛋白质的区域。3'-UTR：3'-UTR是3'-非翻译区（3'-Untranslated Region）的缩写，是成熟mRNA位于编码区下游不被翻译为蛋白质的区域。1.4 起始密码子属于5’UTR+CDS中CDS区域，终止密码子不属于CDS+3’UTR中的CDS区域。3.按照染色体顺序排序。
bedtools从剪切位点两边提取序列
xjw的博客
01-11 2864
目录下载数据（人类）NCBIGenCodebedtools获取内含子位置获取内含子序列获取上下游位置和序列参考文章 下载数据（人类） NCBI 由于我需要获取剪切位点两边的序列，那么我需要下载参考基因组数据和注释文件。参考基因组下载常用的有ncbi、ucsc和ensemble。下图是参考基因组版本对应信息。 我是从NCBI下载 链接（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/） 点击搜索之后，就可以在页面中找到了。 GenCode 我的注释文件是在GenCode下载，下面为版本信息
2023.12.12【基因组】|bedtools与gffread序列提取比较
12-12 2112
最近在优化基因组组装流程，其中在组装完成后需要提取cds这一步。我同时试了bedtools和gffread这两个工具，得到了两个fa文件，做了一下对比，感觉还是有些差异，这里记录一下。
Getfasta--根据Acession Number（Ac号）批量下载GenBank分子序列数据的自动化程序
zhanyongjia_cnu的专栏
07-30 3502
   推断分子系统发育树时，很多分子序列数据都是从GenBank等公共数据库下载的。当数据很多时，每条序列都要检索、下载十分耗时，而且容易出错。作者基于NCBI官方提供的Entrez direct软件包，二次开放了能批量下载GenBank分子序列数据的程序——Getfast。此程序能解析用户提供的ACLIST文件，并自动下载生成包含所有序列的fasta文件，供构建分子系统发育树使用。 一、运行环...
bedtools 用法大全
qq_36608036的博客
10-12 3270
bedtools 用法大全 bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力。 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Ext...
已知基因染色体号，坐标如何快速获取基因序列
llhgj的博客
12-03 3131
bedtools提取序列
生信软件40 - bedtools经典使用方法合集
LittleComputerRobot的博客
10-25 1898
bedtools经典使用方法合集
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