通过bed文件获取基因序列（fasta）

最新推荐文章于 2024-05-07 19:55:49 发布
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分类专栏： bioinfo 文章标签： bed fasta bedtools getfasta 通过bed文件获取基因序列
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版权

文章目录

bedtools、getfasta

ref

bedtools getfasta doc

note

安装：

conda install bedtools

参考文件：

需要提前下载好fasta文件

最好有fai索引文件（bedtools也会自动生成）

语法：

bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF>

如：

bedtools getfasta -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> -fo out.fa
hellopbc
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专栏目录
CHIP-seq流程学习笔记（12）-对特定gene使用bedtools getfasta后，用meme软件进行motif分析
垚垚爸的博客
01-13 3934
刚写题目时发现，现在的分析应该是RNA-seq与ChIP-seq杂合在一起的分析了，为了省事还接着在这个系列写吧。最近有站友发私信建议说把代码跑出来的结果放上，方便学习。这里说明一下：关于学习笔记我尽量把图片放上来，对于分析的记录，因为涉及到实验室的课题，为了避免不必要的麻烦就不放了，本意这个记录就是自己的试验记录，记录下代码过程，为以后学生发表文章参考。 1. 根据gene_list从hg19_genes.gtf文件中提取gene_TSS信息 也可以使用biomaRt包进行注释，中间出错尚未解决，有机会再
bedtools getfasta 使用
coolsen133的专栏
09-09 4698
bedtools getfasta ， 可以很方便的根据 bed 提取 序列
通过bed文件获取fasta序列
weixin_30687587的博客
07-18 1654
一、BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释的信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。 每行的数据格式要求一致。 必须包含的3列： 1.chrom, 染色体名字(e.g. chr3， chrY) 2.chromStart, 目标区段在染色体起始位置，染色体第一个碱基的位置是0 3.chro...
资料总结分享：SAM,bam,bed文件格式
最新发布
weixin_69558614的博客
05-07 1125
表示read比对到RNAME这条序列的最左边的位置，如果该read能够完全比对到这条序列（CIGAR string为M）则这个位置是read的第一个碱基比对的位置，如果该read的反向互补序列比对到这条序列，则这个位置是read的反向互补序列的第一个碱基比对的位置，所以无论该read是正向比对到该序列，或是其反向互补序列比对到该序列，比对结果均是最左端的比对位置。SAM文件中的每一行包含了比对的序列ID、比对的标志、参考序列的名称、序列的起始位置、比对得分、序列的序列等信息。
根据 基因名、bed 文件的基因位置，提取 DNA 序列 bedtools
dujidan的博客
03-19 3658
根据 基因名、bed 文件的基因位置，提取 DNA 序列 bedtools1、根据 Gene Symbol 查找在序列上的位置2、根据 基因位置 提取参考上的序列 1、根据 Gene Symbol 查找在序列上的位置 从UCSC下载匹配的 文件 链接: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables. 1）、主要注意版本的信息，按默认就行 2）、点击 get output，至下一页，就可以选择自己勾选自己想要的信息了 3）、下载后的文件，三列分别是 Transcripti
bedtools从剪切位点两边提取序列
xjw的博客
01-11 2566
目录下载数据（人类）NCBIGenCodebedtools获取内含子位置获取内含子序列获取上下游位置和序列参考文章 下载数据（人类） NCBI 由于我需要获取剪切位点两边的序列，那么我需要下载参考基因组数据和注释文件。参考基因组下载常用的有ncbi、ucsc和ensemble。下图是参考基因组版本对应信息。 我是从NCBI下载 链接（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/） 点击搜索之后，就可以在页面中找到了。 GenCode 我的注释文件是在GenCode下载，下面为版本信息
Linux：bed文件制作，提取上下游150bp序列
caopei0111的博客
10-11 589
bed文件，seqkit subseq，重命名
2023.12.12【基因组】|bedtools与gffread序列提取比较
12-12 1477
最近在优化基因组组装流程，其中在组装完成后需要提取cds这一步。我同时试了bedtools和gffread这两个工具，得到了两个fa文件，做了一下对比，感觉还是有些差异，这里记录一下。
fasta基因文件统计脚本
04-15
用来统计目标文件中GC含量，并且输出所有基因序列编号
SeqSounder:确定基因序列覆盖深度的“声音”
05-15
SeqSounder 确定基因序列覆盖范围的“声音”。 这实际上只是一个测试，但对某人可能有用。建造从github结帐./gradlew jar从主目录中。 这将产生一个SeqSounder-VERSION.jar文件使用尝试使用java -jar SeqSounder-...
cljam：Clojure的DNA序列比对图（SAM）库
01-31
`cljam`库允许用户读取和写入FASTA文件，以便于序列检索、比对和其他序列操作。 **4. VCF和BCF格式** VCF（Variant Call Format）是用于存储基因组变异数据的标准格式，而BCF（Binary Call Format）是VCF的二进制...
微信小程序精品demo：基因数据
03-15
基因数据通常以FASTA、BED、VCF等格式存储，这个demo可能涉及到读取和解析这些文件格式，将基因序列信息转化为可视化元素，如条形图或序列比对图。开发者可能使用了生物信息学库，如BioJS或其他JavaScript库来处理...
sequencher DNA序列比对分析软件
06-28
总之，Sequencher作为一款强大的DNA序列分析工具，集成了众多实用功能，能够帮助生物科研人员高效地处理和解读基因序列数据，从而推动生命科学研究的进步。通过使用Sequencher，科研工作者可以更深入地理解生物体的...
bedtools 用法大全
qq_36608036的博客
10-12 2910
bedtools 用法大全 bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力。 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Ext...
基因家族进化分析之DNA序列批量获取
白在宣的博客
03-07 2242
使用方法参考: 基于全基因组的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列获取 Gene序列要获得的ID号不仅仅是seqid，而且还需要在染色体上的位置信息——起始和终止位置，以及染色体编号。这里就需要用到其他两个数据文件了，就是基因组序列（dna）和基因组注释文件（gff3）。思路——首先根据已经获得的ID号从gff文件中获取染色体位置信息，然后再用bedtools工具根据得到的染色体位置信息来获取基因的序列，最终得到基因集。 代码如下。 #!/bin/bash c=
已知基因染色体号，坐标如何快速获取基因序列
llhgj的博客
12-03 2359
bedtools提取序列
根据bed文件从fasta文件中获取基因序列
weixin_30457551的博客
11-20 1292
第一次写博客，分享一个做的提取基因序列的程序，根据bed文件里的位置信息从基因组里提取序列 源码地址：https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed文件通常用来保存注释基因信息，BED文件必须的3列: chrom - 染色体号 chromStart - feature在染色体上起始位置（其实...
linux利用MEME-Chip进行Motif-analysis时的文件格式转换问题
qq_36449694的博客
06-10 4025
问题来源：利用MACS进行Peak-calling分析后继续进行motif-analysis，MEME-Chip的输入文件格式要求是fa文件，但是MACS产生的对应文件是bed格式，所以需要将bed文件转成fa文件解决方法：1.twoBitToFa下载地址：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/在linux上安装好后输入再执行t...
bedtools指南
sunchengquan的博客
12-16 7888
文章目录官方文档下载安装演示版的bed文件 (demo.bed)我们的基因组文件（genome.txt）两侧的运算填充运算下载测试数据提取与genes.gff的间隔相对应的序列获取测试数据用这个间隔文件去分割bam文件实战案例获取数据bedtools intersect从注释文件中，选取启动子找到跟每个exon最近的启动子 官方文档 https://bedtools.readthedocs.io...
写一个python脚本，利用sys、pysam，输入txt文件和snoRNA的bed位置文件，提取txt文件中第一列的snoRNA_name，按照bed文件的位置在人类基因组文件hg38.fa中，提取这些RNA的下游50bp序列，考虑正负链，输出到一个fasta文件里
05-30
好的，我会根据您的要求编写Python脚本。以下是代码： ```python import sys import pysam # 读取命令行参数 txt_file = sys.argv[1] bed_file = sys.argv[2] fa_file = sys.argv[3] output_file = sys.argv[4] # 读取bed文件中snoRNA的位置信息 bed_positions = {} with open(bed_file, 'rt') as bed: for line in bed: fields = line.strip().split('\t') chr_name = fields[0] start_pos = int(fields[1]) end_pos = int(fields[2]) strand = fields[5] bed_positions[chr_name] = (start_pos, end_pos, strand) # 打开fasta文件 fa = pysam.FastaFile(fa_file) # 遍历txt文件中的snoRNA名称 with open(txt_file, 'rt') as txt, open(output_file, 'wt') as out: for line in txt: snoRNA_name = line.strip().split()[0] if snoRNA_name in bed_positions: # 获取snoRNA位置信息 start_pos, end_pos, strand = bed_positions[snoRNA_name] # 获取下游50bp序列 if strand == '+': seq = fa.fetch(reference=chr_name, start=end_pos, end=end_pos+50) else: seq = fa.fetch(reference=chr_name, start=start_pos-50, end=start_pos) # 反向互补序列 seq = seq[::-1].translate(str.maketrans('ATCG', 'TAGC')) # 写入fasta文件 out.write('>{}\n{}\n'.format(snoRNA_name, seq)) ``` 您可以将以上代码保存到一个.py文件中，然后在命令行中运行，例如： ```bash python extract_snoRNA_seq.py snoRNA.txt snoRNA.bed hg38.fa snoRNA_seq.fasta ``` 其中，snoRNA.txt为包含snoRNA名称的文本文件，snoRNA.bed为包含snoRNA位置信息的bed文件，hg38.fa为人类基因组文件，snoRNA_seq.fasta为输出的fasta文件。

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