通过bed文件获取基因序列(fasta)

bedtools、getfasta

ref

bedtools getfasta doc

note

安装:

conda install bedtools

参考文件:

需要提前下载好fasta文件

最好有fai索引文件(bedtools也会自动生成)

语法:

bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF>

如:

bedtools getfasta -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> -fo out.fa
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好的,我会根据您的要求编写Python脚本。以下是代码: ```python import sys import pysam # 读取命令行参数 txt_file = sys.argv[1] bed_file = sys.argv[2] fa_file = sys.argv[3] output_file = sys.argv[4] # 读取bed文件中snoRNA的位置信息 bed_positions = {} with open(bed_file, 'rt') as bed: for line in bed: fields = line.strip().split('\t') chr_name = fields[0] start_pos = int(fields[1]) end_pos = int(fields[2]) strand = fields[5] bed_positions[chr_name] = (start_pos, end_pos, strand) # 打开fasta文件 fa = pysam.FastaFile(fa_file) # 遍历txt文件中的snoRNA名称 with open(txt_file, 'rt') as txt, open(output_file, 'wt') as out: for line in txt: snoRNA_name = line.strip().split()[0] if snoRNA_name in bed_positions: # 获取snoRNA位置信息 start_pos, end_pos, strand = bed_positions[snoRNA_name] # 获取下游50bp序列 if strand == '+': seq = fa.fetch(reference=chr_name, start=end_pos, end=end_pos+50) else: seq = fa.fetch(reference=chr_name, start=start_pos-50, end=start_pos) # 反向互补序列 seq = seq[::-1].translate(str.maketrans('ATCG', 'TAGC')) # 写入fasta文件 out.write('>{}\n{}\n'.format(snoRNA_name, seq)) ``` 您可以将以上代码保存到一个.py文件中,然后在命令行中运行,例如: ```bash python extract_snoRNA_seq.py snoRNA.txt snoRNA.bed hg38.fa snoRNA_seq.fasta ``` 其中,snoRNA.txt为包含snoRNA名称的文本文件,snoRNA.bed为包含snoRNA位置信息的bed文件,hg38.fa为人类基因文件,snoRNA_seq.fasta为输出的fasta文件

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