生信软件40 - bedtools经典使用方法合集

最新推荐文章于 2025-03-27 15:22:37 发布
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1. bedtools intersect 查找重叠区域

提取2个bed文件的重叠区域。

bedtools intersect -a region1.bed -b region2.bed > overlap.bed

2. bedtools merge 合并重叠的区域

合并输入bed文件的重叠区域。

bedtools merge -i region.bed > merge.bed

3. bedtools subtract 从一个文件中减去另一个文件的区域

在-a输入的bed文件中去除-b输入bed文件的区域。

bedtools subtract -a file1.bed -b file2.bed > subtracted.bed

4. bedtools coverage 计算覆盖度

根据-a输入的bed文件，计算区域的覆盖度。

bedtools coverage -a targets.bed -b reads.bam > coverage.txt

5. bedtools genomecov 计算基因组覆盖度

计算基因组的覆盖度，-g为参考基因组文件路径。

bedtools genomecov -ibam reads.bam -g genome.fa > genome_coverage.txt

6. bedtools complement 获取未被覆盖的区域

提取targets.bed中未覆盖的参考基因组区域。

bedtools complement -i targets.bed -g genome.fa > uncovered.bed

7. bedtools slop 扩展区间

扩展targets.bed文件区域两侧100bp。

# -b 向外扩展
# -l 向内扩展
bedtools slop -i targets.bed -g genome.fa -b 100 > extended.bed

8. bedtools flank 获取区间两侧的邻近区域

获取targets.bed区域两侧1000bp的区域。

bedtools flank -i targets.bed -g genome.fa -b 1000 > flank.bed

9. bedtools getfasta - 从FASTA文件中提取序列

基于regions.bed文件，从fasta文件中提取序列。

bedtools getfasta -fi genome.fa -bed regions.bed -fo sequences.fa

10. bedtools intersect 提取与基因重叠的变异

假设有两个BED格式文件：genes.bed和variants.bed，前三列都是染色体编号、起始坐标、结束坐标。

bedtools intersect -a variants.bed -b genes.bed > overlapping_variants.bed

11. bedtools merge 合并相邻的基因区域

sort -k1,1 -k2,2n genes.bed | bedtools merge > merged_genes.bed

12. bedtools subtract 找出不在基因区域内的变异

bedtools subtract -a variants.bed -b genes.bed > intergenic_variants.bed

13. bedtools coverage 计算每个基因区域内变异的数量

bedtools coverage -a genes.bed -b variants.bed > gene_variant_coverage.txt

14. bedtools getfasta 从基因组FASTA文件中提取变异位置的序列

bedtools getfasta -fi genome.fa -bed variants.bed -fo variant_sequences.fa

15. bedtools closest 对每个变异找到最近的基因

bedtools closest -a variants.bed -b genes.bed > nearest_gene_to_variant.bed

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