答读者问(1):非模式物种找marker;如何根据marker定义细胞类型

下午花了两个小时回答读者的疑问,觉得可以记录下来,也许能帮到一部分人。

第一位读者做的是非模式物种的单细胞。

一开始以为是想问我非模式物种的marker基因在哪儿找,读者朋友也提到了blast

研究的主要细胞类型的marker是有的

让读者朋友困惑的是一张表,cluster乘样本的表,每一个值表示表达这个marker基因的细胞数目。这个表其实没有多少信息,且容易给人误导。应该直接从小提琴图看。


解答完了这个问题,另一个问题还是回到“非模式物种如何找marker”。找同源基因是一个思路,甚至都不用自己比对,这类信息网上数据库应该就有;再一个就是多看同一领域的文献,实验、bulk RNA-seq都做了那么多了,几个marker基因还是有的吧。

因水平有限,有错误的地方,欢迎批评指正!

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