学习大神使用R画火山图详细步骤

R软件 ggplot2

一、导入包

       library(ggplot2)

二、改变工作路径，将工作路径改变到数据存放的文件夹下

       getwd()

       setwd()

三、读取数据，我的是别人博客里下载的volcano.txt

       data = read.table(file = "C:/Users/Administrator/Documents/R/volcano.txt", header = T, row.names = 1, sep = "\t")

       #header =T 将数据的第一行作为标题（虽然不懂什么标题？？）

         row.names = 1 第一列为行名（我也不懂？？）

         sep = "\t"  以什么分割（txt 制表符间隔  \t         csv 逗号间隔  , ）

四、设置横轴和纵轴

          r03 = ggplot(data, aes(log2FoldChange, -1*log10(padj)))     #火山图的横纵坐标规定的

五、显示火山图

          r03 + geom_point()           

六、改变点的颜色（上面显示出来就是黑色）

           r03 +geom_point(aes(color = "red"))    #全部显示红色，只能设置一种

           r03 +geom_point(aes(color = significant))     #颜色有significant来确定，成了三色，significant是数据表中的一列，相当于一个tag，不懂？？

           addcolor = r03 + geom_point(aes(color = significant))
           addcolor                #不懂这一步作用，图像上没差别？？

七、设置坐标轴范围和标题    （横坐标范围：xlim()，纵坐标范围：ylim()函数，添加标签：labs(title=“..”,x=“..”,y=“..”)                                                                        不懂ing??）

           r03xy = addcolor + xlim(-4,4) + ylim(0,30) + labs(tittle = "volcanoplot", x = expression(log2FoldChange), y = expression(-log10(padj)))
           r03xy          #图像有变化，少了387个点。感觉这里的范围应该要请教师兄，转录组作图应该是什么范围？？应该有个标准

八、自定义颜色（要与指定颜色数量一致？？？颜色数量？？难道还能有四种颜色吗？）

           volcano= r03xy +scale_color_manual(values =c("green","black", "red"))
           volcano                  #颜色变了

九、添加阈值线（y轴截距，横坐标范围）

           addline = volcano + geom_hline(yintercept = 1.3) + geom_vline(xintercept = c(-1,1))
           addline           #三条垂直的黑线

十、保存图片（名称，图，宽，高）

           ggsave("volcano8.png", volcano, width = 8, height = 8)         #最早修改的路径下查看，nice

 

终于找到一篇，能完整做完的，找了好多都半途而废，卡死了

流程参照   https://blog.csdn.net/u011808596/article/details/80935178

找不到数据来源了，数据名称就是volcano.txt，百度找火山图流程