本文总结了实验室对转录组和lncRNA的分析思路，包括从原始数据质控、比对、组装到lincRNA的鉴定和功能预测的全过程。通过对基因间、长链和非编码的判断，确定lincRNA，并进行差异分析和通路富集，探讨其生物学意义。
继师兄详细地讲述这个思路之后，我进行一个归纳总结（师兄说，首先要建立一个思想上的流程，再来纠结软件、命令这些细节！！！！！！）
首先你得了解 raw_data / 参考基因组 .fa / 注释文件 .gtf / 索引文件 indexes（通过hisat2-build ,根据基因组文件新建索引文件）
raw_data 原始数据
参考基因组 .fa 1——— ————— —————— ——————— ———————— ————— —————
2————— —————— ——————— —————— ————————
3———— ————— ———— —————— ——————— ————— ——— —
注释文件 .gtf 1chr
基因 转录本1/2/3…… 内含子……
索引文件
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从公司拿到的raw_data开始：
一、质控数据（fastqc）——根据质控数据的好坏，进行筛选，数据不行的用trim去掉（具体什么软件也没听清楚
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