10x单细胞转录组数据bam格式转为fastq格式

最新推荐文章于 2024-10-13 21:12:05 发布
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bamtofastq工具可以将Cell Ranger, Space Ranger, Cell Ranger ATAC, Cell Ranger DNA和Long Ranger等工具生成的10x bam文件转换为fastq文件，从而作为输入重新运行分析。bamtofastq生成的fastq文件与原始的fastq文件具有相同的测序序列集，但序列的原始位置会发生变化。

在下载NCBI等公共数据库中的单细胞测序数据，发现仅提供了处理后的bam文件时，可以用来将bam转为fastq文件进行重新分析，实现不同数据集上游分析的统一，比如参考基因组的一致等。

1.下载并安装bamtofastq工具

在github上下载bamtofastq工具的源码 Releases · 10XGenomics/bamtofastq · GitHub，这个工具的运行依赖Rust语言，如果没有安装Rust，需要先在服务器上安装Rust。

Rust的安装：运行这行代码，安装最新版本的Rust，安装完成之后会出现 "Rust is installed now. Great!" 这行文字。

curl https://sh.rustup.rs -sSf | sh

添加Rust至环境变量：在Home路径下会有一个.cargo的文件夹，cargo是Rust语言的构建系统和软件包管理器，安装Rust同时会对cargo进行安装。运行以下这行代码将Rust添加至环境变量并检测Rust是否能成功运行，或者在~

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10X单细胞转录组测序—常规流程
lz2105的博客
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从原始数据比对计数开始到singleR预测亚群名称
bam格式转换为Fastq/Fasta格式
lazymark2的博客
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bam格式转换为Fastq/Fasta格式 Samtools Fastq GATK SamToFastq Bedtools bamtofastq 举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam： samtools view -H D1_D1.sort.bam | tail @SQ SN:19 LN:58617616 @SQ SN:20 LN:64444167 @SQ SN:21 LN:46709983 @SQ SN:22 LN:50818468 @SQ SN:X LN:1560
bam2fastq:从bam到FASTQ的简单转换器
05-24
bam2fastq bam2fastq是一个从BAM文件中提取序列和质量的程序。 原始版本可以在找到。 随后对其进行了修改，以处理具有成对和不成对读和写到stdout混合的BAM文件。 安装 需要make，gcc和zlib压缩库-所有这些都应该存在于大多数类Unix系统（包括Mac）上。 首先从github克隆存储库，包括其依赖项： git clone --recursive https://github.com/jts/bam2fastq 然后转到目录并运行make： cd bam2fastq make 作者 该程序最初由Phillip Dexheimer在HudsonAlpha开发。 它打包在github上，并由Jared Simpson稍加修改。
格式转换：BAM 转 FASTQ
生信学习
04-03 8418
有时候，分析已发表数据的时候，避免不了会遇到作者上传的数据是BAM格式，但是作者用的基因组又不是我想要的，所以我就需要将BAM转换为FASTQ，加上许多分析工具都是需要以FASTQ文件为起始输入，据说BAM转换为FASTQ是生信中的一个常见步骤，虽然现在还没遇到，提前整理，以备不时之需😑工具有很多，接下来就罗列几个工具。
踩坑日记|bam文件转为fastq文件
XIAOWANGaxs的博客
12-10 1705
好了，今天的踩坑日记就到这里了，其它实现 bam2fastq 工具（例如：Picard、GATK、Biopython）没有做过尝试，大家尝试一下发现的坑，可以留言交流一下。命令进行 bam 文件转换为 fastq 文件，可以对单端比对的生成的 bam 和双端比对生成的 bam 进行转换，详细使用方法和参数见。命令进行 bam 文件转换为 fastq 文件，并且可以将单端比对、双端比对的 bam 文件转换为 fastq 文件，使用方法和参数见。使用的一些工具和工具使用过程中发现的问题。
unmapbam to fastq和自己的annovar格式~~~
浮生终有醒
05-31 1717
#!perl use warnings; use strict; die "perl $0 \n" if @ARGV != 2; my %hash; open BAM, "samtools view $ARGV[0] |" or die $!; while() { chomp; my @tmp = split; push @{$hash{$tmp[0]}}, "$tmp[1]\t$tm
单细胞转录组 —— Cell Ranger 原始数据处理
dxs18459111694的博客
10-09 3406
我们前面介绍了单细胞转录组原始数据的处理步骤，以及每一步中涉及的各种问题及解决方案。下面我们将介绍几个常用的原始数据的处理流程。
剑桥大学2018单细胞转录组分析实战教程
剑桥大学于2018年发布的单细胞转录组分析教程，是一份针对生物信息学专业人士和研究者的实用指南，旨在深入讲解单细胞RNA-seq的数据处理、分析和解读。该教程由Vladimir Kiselev、Tallulah Andrews、Jennifer ...
介绍R语言在单细胞转录组中的基础应用
单细胞转录组（single-cell transcriptomics）是一种能够实现对单个细胞基因组的转录组分析的技术和方法。通过单细胞转录组可以了解单个细胞在不同状态下的基因表达情况，揭示不同细胞群体中的细胞异质性和功能多样...
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qq_43337286的博客
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bam格式转fastq的二三事
如何从BAM文件中提取fastq
weixin_34194087的博客
02-12 2711
虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作，因为samtools其实已经提供了相应的工具samtools fastq. 以biostar handbook的Ebola病毒数据为例，首先获取...
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xuzhougeng blog
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在一年前，我写过一篇文章，叫做如何从BAM文件中提取fastq，之前也发现了从BAM里面提取Fastq是有些麻烦，只不过最后通过samtools的子命令实现了数据提取，实现功能之后也没有再去思考如何提高效率。 最近读到每周文献-190419-植物单细胞BAM重比对以及假基因研究时，发现里面提到了一个工具叫做 bazam, 功能就是提取Fastq文件，文章发表在 Genome Bio...
bam格式文件详解
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sam/bam格式文件详解 1，SAM文件格式介绍 SAM（The Sequence Alignment / Map format）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成，头部区和主体区，都以tab分列。 头部区：以’@'开始，体现了比对的一些总体信息。比如比对的SAM格式版本，比...
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文章参考中原始数据处理部分。我们这里所说的原始数据处理涉及多个步骤，从测序仪下机产生的BCL文件到原始的FASTQ文件，再到序列比对，最后以reads计数矩阵结束。计数矩阵代表了每个细胞中每个基因所产生的不同分子数量的估计值，并可以根据每个分子推测的剪接状态对数据进行分层。整体流程如下图这个计数矩阵是所有下游分析的起点，包括数据归一化、整合和过滤方法，以及推断细胞类型、发育轨迹和表达动态的方法等。因此对该计数矩阵进行稳健而准确的评估，是实现准确可靠的后续分析的基础和关键步骤。
FASTQ质控软件FASTP下载和运行
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04-20 4651
使用批量质控的方法：vim .sh创建文件夹 ，i-编辑；将质控命令复制进去，修改所在文件夹，我数据在不同文件夹需要自己修改。esc，shift+：，wq保存退出，sh fastp .sh即可。使用fastp 软件进行质控，chmod a+x fastp使其可运用./fastp；可使用系统默认质控参数。2,使用wget进行安装：wget http://opengene.org/fastp/fastp。1. 使用conda进行安装：conda install fastp。质控完成后显示数据。
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fastq文件格式；bam文件格式；bam转换fastq的方法；代码示例
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pumc_2023的博客
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samtools常用命令详解
weixin_33883178的博客
03-05 1348
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文...
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